Manoma, kad dabartinis Obelių malūnas buvo pastatytas apie 1840 metus, grafo Pšezdzecko valdomo Obelių dvaro žemėje. Tačiau Obelių malūnas minimas jau XVI amžiuje. Tuo metu keitėsi dvaro savininkai ir buvo sudarytas inventoriaus sąrašas, kuriame, be kitų pastatų, minimas ir "malūnas ežero gale". Pastatas priklausė ne vienam garsiam grafui, valdžiusiam Obelių dvarą. Malūne buvo įtaisyta pažangi turbina, atgabenta iš užsienio. Jo darbininkai, laikui bėgant, ne tik malė miltus, bet ir pjovė lentas. Savo geriausiais laikais Obelių dvaras buvo tarp ekonomiškai pažangiausių Lietuvoje. Deja, XX amžiuje unikalaus statinio šlovė prigeso - atlaikęs karus pastatas buvo išvogtas, o vėliau ir padegtas, jau nepriklausomoje Lietuvoje...

Obelių malūno savininkas Aidas Stainys yra kilęs iš Obelių miestelio. Jam atrodė privalu restauruoti vaikystės laikų pastatą, su kuriuo siejo šilti prisiminimai. Investavęs nemažas lėšas, jis įgyvendino ilgai puoselėtą svajonę ir prikėlė malūną naujam gyvenimui. Obelių malūnas tapo miestelio simboliu ir yra atviras visiems norintiems prisiliesti prie senovės palikimo.