Šėtos vietovė minima nuo XIV a. vidurio. XV a. Šėtoje buvo dvaras. Sakoma, kad jį įkūrė dar kryžiuočių laikais čia atsikėlęs vokietis. XV a. dvaras priklausė dvarininkui Bagdonui Petkevičiui, kuris 1499 m. netoli dvaro pastatė bažnyčią. XVI a. pab. Šėtos savininkai bažnyčią atidavė reformatams. 1680 m. Šėtos klebonas, Vilniaus kanauninkas Motiejus Ancuta pastatė naują medinę bažnyčią. Jai sudegus, 1772–1782 m. klebonas Sebastijonas Kščenevičius pastatė mūrinę Švenčiausiosios Trejybės bažnyčią. Ji 1805 m. gegužės 17 d. per miestelio gaisrą sudegė, 1817 m. atstatyta. 1897 m. parengtas ir patvirtintas bažnyčios padidinimo projektas; buvo pastatytas bokštas. Bažnyčia nukentėjo per Pirmąjį pasaulinį karą, bet pokario metais klebonas Jurgis Tilvytis ją suremontavo ir sutvarkė.

Įspūdingas pastatas yra mišraus stiliaus. Plokščiais piliastrais suskaidytos sienos, pusapskritės langų arkos, panašios nišos ir lygių traukų karnizai atrodo klasicistiškai. Aštuonkampis bokštas ir smailūs pinakliai ant fasadinės sienos – svetimi priedai. Taip pat ir aukšta bokšto piramidė su karūna viršuje. Bokšto akustinės angos labai didelės, su arkomis ir lygiais apvadais aplinkui. Viršutinis bokšto tarpsnis išsiskiria dvigubu karnizu su trikampių nišų eile ir kampiniais frontonėliais. Visi paviršiai tinkuoti. Vidaus erdvė padalyta į tris išilgines navas.

Bažnyčioje yra išlikusių vertingų religinio meno ir kulto daiktų: Švč. Trejybės paveikslas (XIX a.), Švč. Mergelė Marija Rožančinė (XIX a.), medinė Kristaus Nukryžiuotojo statula, geležinis ornamentuotas kryžius, bažnyčios varpas su mecenato J. Montvilos inicialais.

Šventoriuje yra mūrinės Kryžiaus kelių koplytėlės. Šėtos kapinėse stovi 1855 m. Veličkų statyta mūrinė koplyčia.