Pirma medinė koplyčia ar bažnyčia šioje vietoje, manoma, pastatyta apie 1670 m. ir priklausė karmelitams. Nuo 1675 m. ji su jai priklausančiais dviem žemės sklypais Savičiaus gatvėje atiteko augustinams, kurie nuo 1673 m. gyveno Vilniuje iš išmaldos, ieškodami vietos įsikurti. 1679 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. 1682 m. Vilniaus vyskupijos administratorius Mikalojus Pacas sudarė komisiją rūpintis vienuolyno įkūrimu ir fundacijomis. Pastatai, skirti gyventi 12 vienuolių, pradėti statyti XVII a. pabaigoje, sujungiant keletą čia stovėjusių vienuolynui užrašytų ar pirktų namų. 1742 m. bažnyčiai sudegus, 1746-1768 m. vienuoliai augustinai, padedami geradarių, pasistatė mūrinę bažnyčią, išlikusią iki mūsų dienų. Didžiajame altoriuje kabėjo malonėmis garsėjantis Švč. Mergelės Marijos Ramintojos paveikslas (greičiausiai Krokuvos augustinų bažnyčios paveikslo kopija), kurį parūpino altorių globojusi Švč. Mergelės Marijos Ramintojos brolija. Kiti altoriai buvo skirti augustinų ypač gerbiamiems šventiesiems: šv. Augustinui, šv. Monikai ir kt. Šv. Teklės brolija turėjo šiai kankinei skirtą altorių. XVIII a. pabaigoje pastatytas pagrindinis vienuolyno korpusas prie Bokšto g. ir susiformavo visas ansamblis, išsidėstęs prie Bokšto ir Siaurosios gatvių. Vienuolių skaičius išaugo. Vienuolyne tuomet veikė noviciatas ir turbūt mažoji seminarija, vienu metu buvo suorganizuota ir gramatikos mokykla. Vienuolyne buvo nemaža biblioteka.

1808 m. pagrindinis vienuolyno korpusas atiteko Universiteto dvasinei seminarijai, vienuoliai, vadovaujami tėvo Leopoldo Korickio, išsikėlė į Kauną ir iki 1864 m. glaudėsi prie tenykštės parapinės Šv. Petro ir šv. Povilo bažnyčios (Vilniuje galbūt dar kurį laiką liko keletas vienuolių). 1833-1842 metais augustinų vienuolyno patalpose veikė Vilniaus dvasinė akademija.

1852 m. bažnyčia pavesta karmelitų globai, bet netrukus, 1854 m. visai uždaryta. Architektas T. Tyšeckis parengė projektą vienuolyno namams pritaikyti stačiatikių dvasinei mokyklai. 1859 m. bažnyčia pagal to paties architekto projektą rekonstruota į Šv. Andriejaus cerkvę - panaikintas vienuolių choras, pastatytas ikonostasas, nugriauta sakykla, pašalinti puošnūs rokokiniai altoriai su skulptūromis. Švč. Mergelės Marijos Ramintojos paveikslas ir kiti liturginiai reikmenys buvo perkelti į Šv. Jono bažnyčią, kur su savo pamaldomis perėjo ir abi brolijos (dabartinė paveikslo buvimo vieta nežinoma). Vargonai ir kurį laiką bažnyčioje kabėjęs pirmojo augustinų vienuolyno Lietuvoje fundatoriaus Lietuvos didžiojo kunigaikščio Vytauto portretas, atvežtas iš Lietuvos Brastos augustinų bažnyčios, perkelti į Vilniaus katedrą.
1918 m. bažnyčia grąžinta katalikams ir buvo restauruota. Vienuolyno pastatai atiteko Vilniaus universitetui (įrengtas bendrabutis). Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčios interjeras sunaikintas: pritaikytas sandėliui, įstatytos dvi gelžbetoninės perdangos. Vienuolyno namuose įrengti butai.

Vienuolyno namų architektūros dekoras kuklus, tuo tarpu bažnyčia žavi subtiliomis vėlyvojo baroko formomis. Jos fasadą puošia vienas išlakus penkių tarpsnių, orderiniais elementais dekoruotas bokštas, kurio pirmojo tarpsnio centre yra originalus portalas iš trikampių piliastrų. Interjero įranga ir altoriai neišliko. Minėtas Vytauto Didžiojo portretas šiuo metu yra Vilniaus katedroje, kabo virš jo paminklinės lentos.