Bažnyčia pastatyta 1617 m., o konsekruota 1627 m. Bažnyčios statytojas-Čekiškės dvaro savininkas Jurgis Gedgaudas Mackevičius. Statant bažnyčią po didžiuoju altoriumi buvo įrengta Mackevičių šeimos kapavietė. XVII a. pastatyta bažnyčia-vėlyvojo renesanso stiliaus statinys, tyrintis klasicizmo bruožų. Pastato kompozicijai būdinga simetrija, horizontalumas, saikingos dekoratyvinės formos, šviesi vidaus erdvė. 1799 m. bažnyčia sudegė ir liko mūrinės sienos. 1821 m. bažnyčia buvo perstatyta ir prailginta. Buvo sumūrytas pagrindinis fasadas su vienu vėlyviausiu Lietuvoje banguoto kontūro barokiniu frontonu. Virš bažnyčios iškilo neaukštas bokštas. 1807 m. Gardine buvo pagamintas didysis altorius. 1806 m. įrengta dabartinė sakykla, o 1810 m. nauja zakristija. 1887 m. Čekiškėje kilo didelis gaisras, bažnyčia nenukentėjo, bet sudegė varpinė. Atstatyta 1890 m. XIX a. pabaigoje bažnyčios stogas buvo uždengtas čerpėmis. 1977-1987 m. buvo atliktas kapitalinis remontas, prabilo vargonai, sugaudė didysis varpas.

Čekiškės bažnyčia-XVII a. architektūros paminklas, kurioje yra 14 vertingų dailės kūrinių.

Lit.: Čekiškė 1600-2000. Kaunas,2000,p. 9
Kauno rajono gamta ir kultūros paveldas. Kaunas,2007, p.180