XVI a. pabaigoje Apytalaukio dvarą valdė didikas Petras Šiukšta. Jo rūpesčiu 1635 m. vietoj medinės bažnyčios pradėta statyti mūrinė.
XVIII a. antroje pusėje Apytalaukio bažnyčioje pamaldas laikė Kėdainių misijos jėzuitai. Parapijai priklausė 1 515 katalikų. Tuo laiku prie bažnyčios mokėsi 10 mokinių. 1902 -1919 m. Apytalaukio savininko Tito Šiukštos rūpesčiu bažnyčia buvo suremontuota (tokia išliko iki šių dienų).

Apytalaukio šv. apaštalų Petro ir Povilo bažnyčia yra barokinė, turinti renesanso bruožų. Ji - lotyniško kryžiaus plano su vakarų pusėje įrengtu varpinės bokštu. Bažnyčios vidų dengia cilindriniai skliautai. Šalia bažnyčios yra parapijos kapinės. Kapinėse ir bažnyčios rūsiuose palaidoti Apytalaukio savininkų Šiukštų ir Zabielų palikuonys.