Pamituvyje (taip iki XX a. pradžios vadinti Stakiai) apie 1750 m. pastatyta koplyčia. Ji 1806 m. buvo vieša, turėjo 2 altorius. Veliuonos klebonas 1815 m. prašė vyskupo leidimo pastatyti Pamituvyje bažnyčią, skirti kunigą.

1817 m. pastatyta klebonija, 1821 m. perstatyta koplyčia. Ji 1841 m. buvo Veliuonos parapijos filija. Bažnyčiai priklausė 1 valakas žemės. XIX a. (iki 1863 m.) veikė parapinė mokykla. Kunigas Motiejus Čiuzevičius dalyvavo 1863 m. sukilime. Už tai ištremtas į Sibirą. 1872 m. grįžo į Kuršą. 1875 m. bažnyčią padidinta.

Stakių filialistas kunigas Feliksas Sereika (1844–1913) pirkdavo draudžiamą lietuvišką spaudą ir ją dalydavo parapijiečiams. Jis pastatė kleboniją. Klebono A. Gečiaus vadovaujamas raseiniškis Bronikauskas 1909 m. atnaujino bažnyčios vidų. Klebonas Romualdas Macevičius (1931–1988; Stakiuose 1956–1988 m., palaidotas šventoriuje) suremontavo bažnyčią, įvedė centrinį šildymą, pastatė kleboniją.