Bažnyčia stovi Raseinių rajone, Paupio kaime, prie Raseinių – Eržvilko kelio. 1922 m. kaime apsigyvenęs kun. Izidorius Valys Gudavičius spalio mėn. gavo vyskupo sutikimą ir ėmėsi statybos. Kol vyko statybos, pamaldos rengtos laikinojoje koplyčioje, o jau kitų metų pradžioje buvo įrengta laikina Šv. Juozapo Artojo titulo bažnyčia (faktiškai vieša koplyčia).

1926 m. liepos 6 d. pašventinti naujos bažnyčios pamatai, o 1927 m. sausio 9 d. ir pati liaudies architektūros formų, stačiakampio plano, su trisiene apside, žema zakristija ir dviem bokšteliais bažnyčia. Jai klebono prašymu suteiktas naujas Šv. Šeimos titulas. 1933 m. įsteigta savarankiška Paupio parapija. 1954-1968 m. Paupyje klebonavęs kun. Prosperas Bubnys šventovėje padarė naujus suolus, iš naujo sudėjo grindis, nudažė altorius, bažnyčią iš lauko.

Trys altoriai baigti statyti 1927 m., o 1929 m. juose atsistojo JAV, Čikagoje Zuzanos Giržaitienės nupirktos aštuonios Šv. Antano, Šv. Roko, Šv. Petro, Šv. Povilo, Šv. Aloyzo, Šv. Jurgio, Šv. Agnietės ir Šv. Cecilijos statulos. Be to tada visas bažnyčios vidus išdažytas aliejiniais dažais – darbus atliko dailininkas Vl. Čižauskas iš Šiaulių.

Jonas Brigys