Pirmosios medinės Žeimių bažnyčios statybą fundavo 1720 m. tuometiniai Žeimių dvaro savininkai Medekšos. 1847 m. ji buvo rekonstruota ir restauruota, o 1898 m. medinės bažnyčios vietoje pradėta naujos bažnyčios statyba.

Tačiau iki 1895 m. buvo surinkta tik 6322 rubliai, todėl Kauno gubernatorius liepė sudaryti sąmatą tai sumai ir paruošti projektą. Parapijiečiai pageidavo statyti bažnyčią pagal savo norimą planą, t.y. pagal 19158 rublių sąmatą. 1899 m. Žeimiuose pastatoma plytinė, valstietis Simonas Bareika pradeda gaminti plytas naujos bažnyčios statybai. Plytų bažnyčios statybai už 1265 rub. davė ir Krejeris iš Miknaičių kaimo. Nors 1901 m. dar teberenkamos lėšos bažnyčios statybai, tačiau už penkerių metų maldos namai baigiami statyti ir 1906 m. rugpjūčio 8 d. jau vyksta pamaldos. Žeimių bažnyčią projektavo ir statė architektas Vaclovas Michnevičius (palaidotas bažnyčios šventoriuje (1866 – 1947).

V. Michnevičius be Žeimių bažnyčios sukūrė virš 30 bažnyčių projektų – tai neogotiškos Birštono, Raudondvario, Žiežmarių, Nemunaičio, Ramygalos, Perlojos bažnyčios ir kt.

Žeimių bažnyčios šventoriuje yra dvi panašaus stiliaus koplytėlės. Pirmoji koplytėlė, esanti kairiajame šventoriaus kampe, pirmą kartą aprašyta bažnyčios vizitacijos akte 1844 m. Ją 1843 m statė Žeimių dvaro savininkas Simonas Kosakovskis. Koplytėlėje palaidoti Simono Kosakovskio tėvo Mykolo ir brolio Juozo palaikai. Ji taip pat buvo naudojama (saugumo dėlei) bažnytiniams dokumentams ir įvairiems daiktams sudėti. Nors koplytėlė pilnai nebuvo užbaigta, 1850 m. pagrindiniame jos fasade pastatytos keturios mūrinės kolonėlės, o viduje rengta nauja mensa (komoda) su stalčiais. 1864 m. koplyčios pastatas buvo nepasikeitęs. Vėlesniuose Žeimių bažnyčios vizitacijos aktuose žinių apie koplytėlės pastatą nepateikta.

Antroji koplytėlė, esanti dešinėje pusėje nuo pagrindinio įėjimo į šventorių, yra tarsi kopija pirmosios, vietinių žmonių laikoma labai sena. Tačiau Žeimių bažnyčios vizitacijos aktuose apie jos buvimą 1901 m. žinių nėra. Ši koplytėlė galėjo būti pastatyta XX a. pradžioje, užbaigus mūrinės bažnyčios statybą, arba vėliau.
Pirmojoje koplytėlėje palaidoti Kosakovskių šeimos narių palaikai. Koplyčios viduje ant sienų memorialinės lentos, kuriose įrašai apie mirusius Kosakovskių šeimos narius.

Už esančio altoriaus – laiptai. Jais nusileidus – didelis rūsys, išeinantis už koplyčios ribų. Rūsyje sukrauti karstai.

Antroji koplyčia yra šiaurinėje šventoriaus pusėje. Koplyčia su rūsiu, jo sienos mūrytos iš degto molio plytų. Laidojimo rūsio šonuose užmūrytos buvusios kriptos.
2005 m. parengtas Žeimių kolyčių avarinės būklės pašalinimo projektas, atlikti šiaurinėje koplyčioje esančių palaikų antropologiniai tyrimai. 2006 m. tęsiami koplyčių avarinės būklės likvidavimo darbai. Jungtinis savivaldybės ir Kultūros paveldo departamento finansavimas.