Šiandieniniai Katalikų Bažnyčios maldos namai yra jau treti Girdžių kaimo istorijoje.

1809 m. Girdžiuose buvo pastatyta medinė koplyčia. Vyskupui Motiejui Valančiui išrūpinus carinės valdžios leidimą, 1858 m. vietos gyventojai jos vietoje pastatė liaudies architektūros formų bažnytėlę su atskira varpine.

Šiandieninė vienabokštė medinė bažnyčia buvo pastatyta toje pat vietoje 1926 metais. Jos cokolis betoninis iki palangių, bokštas apskardintas. Šalia jos yra išlikusi senoji, prieš tai buvusios bažnytėlės, varpinė. Aplinkui bažnyčią – senos kapinės.