Vandžiogalos parapija buvo įsteigta prieš 1631 m., kadangi tais metais minima Vilniaus sinodo dokumentuose. Pirmąją bažnyčią pastatė Kauno pavieto maršalka Jonas Karolis Rostovskis 1664 m. Tuo metu parapijai priklausė Labūnavos ir Babtų filijos.

1817 m. bažnyčią sunaikino miestelyje kilęs gaisras. 1826 m. Pastatyta pagrindinė dabartinės bažnyčios dalis, vėliau pristatyti presbiterija, zakristijos, prieangis ir bokštas. 1856 m. parapiją vizitavo vysk.Motiejus Valančius.

1948 m. sovietų valdžia konfiskavo visą parapijos turtą. Tik 2011 sausio 18 d. klebono kun.O.P.Volskio pastangomis bažnyčios pastatas tapo juridiškai grąžintas į parapijos nuosavybę.

Bažnyčios plotas yra 556 kv.m., tūris 3904 kūbai. Atkūriamoji vertė - 519 000 litų, nusidėvėjimas - 70 %, ilgis 27 m, plotis - 16 m.

1940 m. Vandžiogalos parapijoje gyveno apie 4000 žmonių, kurių daugumą (apie 90 %) sudarė lenkiškai kalbantys. 2012 m. parapijoje buvo apie 1500 parapijiečių, iš kurių lenkų tautybės - apie 15 %.

Iš pirmosios bažnyčios laikotarpio išsaugotas malonėmis garsus Vandžiogalos kryžius ir nukryžiuotasis. Apanglėjęs kryžiaus šonas liudija, jog jis buvo išgelbėtas iš degančios bažnyčios liepsnų. Apie 350 metų senumo kryžiaus stebuklingumą liudija išlikę 118 votų. Tai padėkos už išklausytas maldas, patirtus stebuklus ženklai, kurie patalpinti šalia kryžiaus.

Vietiniai senieji gyventojai prisimena 1941-uosius, kai Vandžiogalos bažnyčioje ėmė linguoti altoriaus žvakės ir virpėti monstrancija. Tai tęsėsi kelias dienas. Pamatyti reginio rinkosi vietiniai ir apylinkių žmonės. Manyta, kad virpesius sukelia miestelio malūnas, todėl žydų tautybės savininkas jį sustabdė. "Žvakių siūbavimui nesiliovus, nemažai miestelio žydų ėjo pasižiūrėti to keisto reginio ir kažkas iš jų prasitarė, jog šis ženklas liečia juos - esą didelė nelaimė kris ant jų galvų. Netrukus prasidėjo holokaustas ir apie 300 miestelio žydų buvo sušaudyta - vieni Vandžiogalos miškelyje, kiti prie Babtų.
Kiti žmonės teigia, kad šis ženklas buvo pranašystė ateinančių sunkių laikų, tarsi Dievo piršto grūmojimas visiems tuomet gyvenusiems žmonėms, ne tik žydai, bet ir gausi lenkų bendruomenė buvo išblaškyta: vieni žuvo, kiti ištremti į Sibirą, dar kiti slapstėsi nuo tremties,
išvyko į Lenkiją.

2012 m. Devintinių šventėje kleboną ir pamaldų dalyvius išgąsdino altoriaus nugarinėje pusėje pasigirdęs bildesys. Aiškus, smarkus, vienas paskui kitą sekę smūgiai pasigirdo Mišioms einant į pabaigą ir truko apie 15 sekundžių - pakankamai, kad visi išgirstų ir atkreiptų dėmesį. Nuėję patikrinti, negalėjo rasti priežasties. Klebonas į bažnyčią pasikvietė statybininką, tačiau šis nieko įtartino nepamatė.