Bernardinai (pranciškonai observantai) buvo Šv. Pranciškaus Asyžiečio ordino atšaka, elgetaujantys vienuoliai, atsisakę šv. Benedikto ordinui būdingo sėslumo įžado. Pagal reformatoriaus šv. Bernardino Sieniečio (1380–1444) vardą buvo pavadinti bernardinais. Kaip ir visi šv. Pranciškaus Asyžiečio ordino nariai, jie pasižymėjo aktyviomis misijomis, pastoracine ir šviečiamąja veikla. Kaip savarankiškas ordinas bernardinai buvo patvirtinti 1517 m., tačiau savo veiklą vystė jau žymiai anksčiau. 1453 m. šv. Bernardino reformos šalininkas šv. Jonas Kapistranas įkūrė bernardinus Krokuvoje, iš kur jie 1469 m. pasiekė Lietuvą.

1471 m. Stanislovo Sudivojaičio funduotas Kauno bernardinų vienuolynas ir Šv. Jurgio kankinio bažnyčia netrukus tapo vieni mėgiamiausių Kauno miestiečių tarpe. Patys bernardinai stengėsi užsitarnauti Kauno lietuviakalbių miestiečių dėmesį, nuolatos turėjo pamokslininkus lietuvių kalba. Bažnyčioje veikė miestiečių gausiai lankoma šv. Onos brolija. 1503 m. Vilniaus vyskupas Adalbertas suteikė Šv. Onos altorių aplankiusiems tikintiesiems 40 dienų atlaidus. 1522 m. vienuolyne buvo 22 bernardinai. Jų skaičius sumažėjo Protestantiškosios Reformacijos klestėjimo laikais, 1571 m. Kaune paminėtas vos vienas bernardinas.

Iš pradžių buvę mediniai, XV–XVI a. sandūroje pastatyti mūriniai, tamsiai raudonų plytų gotikiniai bernardinų bažnyčia ir dviaukštis vienuolynas. Vienuolyno korpusas jungiasi su bažnyčia ir sudaro stačiakampį uždarą kiemą, rojaus sodelį. 1579 m. gegužės 15 d. bernardinų bažnyčios ir vienuolyno fundaciją patvirtino valdovas Steponas Batoras. Bažnyčia ir vienuolynas ne kartą buvo nuniokoti gaisrų. Nepaisant nelaimių, XVII a. pirmojoje pusėje bažnyčioje buvo įrengtas įspūdingas tiems laikams altorių skaičius – net 16. Tiek altorių Kaune neturėjo netgi parapinė bažnyčia (joje buvo 9 altoriai). Tai rodė ypatingą bernardinų dvasingumo paveikumą, miestiečių dėmesį šiai bažnyčiai ir gausias aukas. Bažnyčia buvo didžiausia Kaune. 1804 m. vizitacijos duomenimis, mūrinio vienuolyno ir bažnyčios statybai ypač pasitarnavo Vladislovo Vazos 1639 m. suteikta privilegija turėti plytinę Bakiemių? (Bokieymie) kaime.

Deja XVII a. vidurio karas su Rusija ir okupacija, dažni gaisrai suniokojo visą bažnyčios įrangą. Galiausiai XVII a. antrojoje pusėje – XVIII a. pradžioje atkurtas puošnus barokinis bažnyčios interjeras su pakitimais išliko iki šių dienų. XVIII a. pradžioje didįjį altorių už 2000 auksinų pastatė Vitebsko vaivada Andriejus Krišpinas Kiršenšteinas. Šaltiniuose minėtas tuo metu bažnyčioje buvęs Šv. Pranciškaus Asyžiečio altorius. XVIII a. pradžioje bažnyčioje buvo įrengti ar suremontuoti Šv. Onos (brolijos), Švč. Trejybės, Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų, Švč. Mergelės Marijos (pirklių), šv. Kryžiaus (Nukryžiuotojo Jėzaus), Šv. Marijos Magdalenos, Šv. Kazimiero, Šv. Angelo Sargo, Šv. Antano, Šv. Didako ir Šv. Rožės Limietės altoriai. Du pastarieji altoriai, matyt, buvo įrengti vieni paskutiniųjų. 1739 m. buvo Pauliaus Chelchovskio lėšomis pastatytas ir paauksuotas Šv. Rožės Limietės altorius. Šv. Didako altorius pastatytas geradarių lėšomis, stengiantis broliams pasauliečiams, ypač vargonų meistrui (orgamaystr). Gali būti, kad čia suminėti ne visi tuo metu bažnyčioje buvę altoriai, nes išsamus jų XVIII a. sąrašas ir aprašymas neišliko. Bažnyčios presbiterijos chore (stalėse) tuo pat periodu nutapyti 28 bernardinų šventieji kankiniai ir išpažinėjai.

1804 m. vizitacija minėjo didįjį altorių su Švč. Mergelės Marijos Čenstakavos paveikslu, šoninius Nukryžiuotojo Jėzaus ir Švč. Mergelės Marijos Nekaltai Pradėtosios altorius, koplyčiose Šv. Onos ir Šv. Pranciškaus Asyžiečio altorius. Prie aštuonių piliorių (kolonų) buvo dar šeši altoriai: Švč. Trejybės, Šv. Barboros, Šv. Antano, Šv. Angelo Sargo, Šv. Rožės ir Šv. Didako. Iš viso bažnyčia tuo metu turėjo 11 altorių. Kai kurių altorių titulus, lyginant su XVIII a. pirmąja puse, matome pasikeitusius, kai kuriuos altorius nunykusius. Apskritai šios bažnyčios altoriai gan dažnai buvo keisti, galbūt vis atsirasdavo geradarių, kurie norėdavo matyti tam tikrajam šventajam paskirtą altorių, o bernardinai gan lengvai leisdavo šiuos pokyčius atlikti. Tokiu būdu tikintieji galėjo realiai pajusti kartu su vienuoliais kuriantys Bažnyčią.

1820 m. vizitacijos medžiaga padeda nustatyti altorių lokalizacijos vietą. Didysis altorius buvo Švč. Mergelės Marijos Čenstakavos ir šv. Jurgio Kankinio titulo. Dešinėje presbiterijos pusėje buvo Švč. Mergelės Marijos Nekaltai Pradėtosios altorius, o prie trijų piliorių iš eilės Švč. Trejybės, Šv. Antano ir Šv. Bonaventūros titulų altoriai. Kairėje pusėje presbiterijoje buvo Nukryžiuotojo Jėzaus altorius, o prie trijų piliorių iš eilės Šv. Barboros, Šv. Angelo Sargo, Šv. Rožės altoriai. Dar du altoriai buvo bažnyčios šonuose, koplyčiose: dešinėje Šv. Onos altorius, o kairėje Šv. Pranciškaus Asyžiečio titulo altorius.

Daugelį altorių globojo įvairios miestiečių brolijos ir cechai. Be šv. Onos brolijos, minimos įvairiais amžiais veikusios Šv. Pranciškaus, Šv. Antano, Šv. Barboros, Švč. Trejybės (batsiuvių), Angelo Sargo (laivavedžių), Švč. Mergelės Marijos Nekaltai Pradėtosios ir kt. Šia prasme bernardinų bažnyčia buvo nemažas konkurentas parapinei bažnyčiai. Nuo XVII a. bažnyčioje buvo stebuklais pagarsėjęs Čenstakavos Dievo Motinos paveikslo sekinys. Paveikslą dengė sidabro aptaisai, karūnos ir votai, o prie jo vykę stebuklai fiksuoti specialioje knygoje. Šis paveikslas, jo dėka vykę stebuklai neabejotinai sutraukdavo Kauno miesto ir apylinkių gyventojus.

Bernardinai buvo įsteigę mokyklą. 1731 m. Kaunas tapo vienu pagrindinių bernardinų provincijos filosofijos studijos centrų, kuriame mokslas truko ketverius metus.

XIX a. buvo nesėkmingas bernardinams. 1812 m. Napoleono kariai nusiaubė vienuolyną, pražuvo daugelis įrangos detalių, gausi biblioteka. Carinės Rusijos administracija 1842 m. iš viso panaikino vienuolyną. Jo pastatai buvo suniokoti, pritaikyti kalėjimui, gimnazijai, o vėliau ir kariniam sandėliui. 1864 m. buvusio vienuolyno pastatuose prisiglaudė iš Varnių atkelta kunigų seminarija. 1925 m. pagal inžinieriaus Felikso Vizbaro projektą ant buvusio dviaukščio gotikinio vienuolyno pristatytas trečiasis aukštas, pastatas įgavo neobarokinių bruožų. Bažnyčia uždaryta sovietmečiu 1950 m., joje įrengtas vaistų sandėlis. 1993 m. bažnyčios ir vienuolyno pastatai atiduoti pranciškonų ordinui. Ligi šių dienų išlikę vidaus įrangos likučiai yra labai vertingas barokinio sakralinio meno pavyzdys.

Vaida Kamuntavičienė