Pirmasis Perlojos vardą mini prūsų kronikininkas Vygandas Marburgietis, kad 1378 m. kryžiuočių vadai atvedė savo kariuomenes į Lietuvą, naktį tos kariuomenės susijungė ir, išmušusios daug pagonių, įžengė į Perloją, įveda šią seną gyvenvietę į istorinius laikus. Ne įkūrimas, plėtimas ar apdovanojimas, bet griovimas ir žudymas yra Perlojos gimimas istorijai.

Perloja įsikūrusi prie Merkio upės, dviejų senųjų baltų žemių – Lietuvos ir jotvingiams priskiriamos Dainavos – pariby. Istoriko H. Lovmianskio nuomone, Perloja įėjo į senąją Lietuvos žemę. Perlojos vardas imamas dažnai minėti XIV a. antroje pusėje. 1385–1387 m. kryžiuočių šnipų pranešimuose, Lietuvos kelių aprašymuose, Perloja minima 8 kartus. Būtent pro čia ėjo vienas iš aktualiausių kryžiuočiams kelių, vedęs į Trakus ir Vilnių. Perloja minima ir Jogailos 1387 m. Skirgailai išduotame Trakų kunigaikštystės dovanojimo rašte.

Perloja – valsčiaus centras, kelių, einančių į Trakus, Daugus, Nemunaitį ir Merkinę, mazgas. Čia yra karališkasis dvaras ir Lietuvos didžiojo kunigaikščio Vytauto pastatyta bažnyčia.

1528 metai vėl priminė perlojiškių atkaklumą kovoje už teisybę. Gindami savo teises perlojiškiai pasiekė net patį valdovą Žygimantą II Senąjį. Rungdamasis su dvaru Perloja palaipsniui iš miestelio virto miestu. Ji įrašyta 1529–1567 neprivilegijuotųjų LDK miestų sąrašuose.

Po 1700 m. sekęs baisus badmetis ir maras išnaikino visus Perlojos ir jos apylinkių gyventojus. Perloja mirė.

Kada tuščioje Perlojoje apsigyveno pirmasis būsimas jos pilietis bei iš kur jis atsikėlė, duomenų nėra. XVIII a. pabaiga Perlojos ir kitų Lietuvos miestų ir miestelių gyventojams buvo nepaprasto aktyvumo laikotarpis. Tai susiję su Ketverių metų Seimo priimtais įstatymais. 1791 m. balandžio 18 d. miestų įstatymas patvirtino miestiečiams asmens laisvę ir paskelbė žemę jų paveldima nuosavybe. Įstatymu patvirtintos senos, karalių raštais suteiktos Magdeburgo teisės. 1792 m. balandžio 26 d. patvirtino Perlojai miesto teises ir herbą – stovintį stumbrą su kryžiumi tarp ragų. Perloja gavo atnaujinimo privilegiją, liudijančią jau buvusį miesto statusą. Deja, nelemta buvo Perlojai, kaip ir kitiems tuo metu gavusiems privilegijas Lietuvos miestams, naudotis laisve ir Magdeburgo teise.

1830–1831 m. sukilimo metu perlojiškiai taip pat nebuvo nuošaly. 1831 m. balandžio 16 d. ir balandžio 26 d. – gegužės 4 d. apylinkėse veikusių sukilėlių ieškojo iš Gardino pasiųstas papulkininkis Kragelskis su kariuomenės daliniu.

1861 m. Perlojos dvaras su miesteliu priklausė dvarininkui Žilinskiui. 1863 m. sukilimo metu buvo sunaikintas Perlojos palivarkas. Kaip viena iš caro administracijos bausmių perlojiškiams buvo bažnyčios uždarymas. Perlojos bažnyčia buvo uždaryta 1866 m. birželio 6 d.

Prasidėjęs I Pasaulinis karas sužlugdė perlojiškių planus pasistatyti naują mūrinę bažnyčią.

I Pasaulinio karo baigtis atpalaidavo pora gaivalų, kurių interesų kelyje buvo ir Perloja. Rusijos imperijos ir Austrijos-Vengrijos žlugimas įgalino Lenkijos prisikėlimą, kuris tuoj pat buvo orientuotas į Abiejų Tautų Respublikos (Žečpospolitos), suvokiamos kaip lenkų valstybė, atkūrimą. Taip pat šis karas pagimdė ir bolševikinę Rusiją. Perlojai buvo lemta visa tai pajusti savo gyvenimu.

Plentu traukė vis naujos plėšikaujančių dezertyrų gaujos, perlojiškiams gimsta mintis organizuotai priešintis ir gintis. Situacija unikali visame rajone – niekur aplinkui panašių dalykų nebuvo. Per kartų kartas perlojiškiai įpratę organizuotai tvartytis savo gyvenimą, sutelktai ginti savo teises ir laisvę tiek kovoje už miesto teises, tiek už Perlojos bažnyčios išsaugojimą ir sugrąžinimą, savo būdui liko ištikimi ir dabar. 1918 m. lapkričio mėn. 13 d. susirinkusi perlojiškių sueiga nutaria paskirti savo valdžią, kuri organizuotų Perlojos parapijos apsaugą ir užtikrintų tvarką. Buvo sudarytas Parapijos komitetas iš demokratiškai išrinktų penkių narių. Pirmininku išrinktas Jonas Česnulevičius. Pavadinimas “Parapijos komitetas” reiškė, kad jo jurisdikcijai priklausė ne tik pati Perloja, bet visa Perlojos parapija. Taigi, į Perlojos savivaldos, vėliau pavadintos Perlojos Respublika, sudėtį įėjo Salovartė, Dvarčiai, Milioniškė, Burokaraistėlė, Trakiškiai, Žiūrai, Pauliai, Mančiagirė, Kaibučiai, Palavysė.

Vienas iš pirmųjų Komiteto nutarimų buvo dėl savigynos būrio – Perlojos kariuomenės – parengimo ir padidinimo. Būrio vadu buvo paskirtas Juozas Lukoševičius. Perlojos kariuomenę Respublikos laikais sudarė apie 80 vyrų.

Kovos krikštą jau kaip Perlojos kariuomenė vyrai gavo 1918 m., t. y. netrukus, kai teko vyti nuo klebonijos plėšikaujančius lenkus.
Perlojos valdžia įsteigė ir miliciją. Buvo pasirūpinta ir miškų priežiūra. Teisingumo funkcijai vykdyti buvo įsteigtas Perlojos teismas. Perlojos Respublika gyvavo labai trumpai. Kalėjimą atstojo špitolės rūsys.

1919 m. vasarį Perloją užėmė raudonarmiečiai. Kadangi jėgos buvo nelygios, perlojiškiai įsileido bolševikus be mūšio. Raudonarmiečiai Perlojoje išbuvo iki balandžio 26 d. Balandžio mėnesio pabaigoje nuo Varėnos priartėjo Lietuvos kariuomenės kuopa, tačiau dar nepasiekusi Perlojos ji buvo apšaudyta. Kuopa grįžo į Varėną. 1919 m. gegužės 2 d. ta pati Lietuvos kariuomenės kuopa, paleidusi į Perloją keletą artilerijos šūvių, ją užėmė. Perlojos Respublika faktiškai liovėsi egzistavusi. Jonas Česnulevičius, Jonas Svirskas, Juozas Lukoševičius ir dar dešimt Respublikos aktyvistų buvo suimti. Kai kurie buvo tik apklausti ir paleisti, kiti per Varėną nugabenti į kalėjimą Kaune. Po mėnesio visi paleisti.

Perloja tapo Lietuvos Respublikos dalimi. Tačiau netrukus paaiškėjo, kad Lietuva toli, nauja grėsmė čia pat, ir spręsti vėl tenka pačiai Perlojai.
1923 m. vasario 3 d. Tautų Sąjungos taryba padalijo neutraliąją zoną tarp Lietuvos ir Lenkijos. Merkio linija, einanti per Perloją, turėjo tapti siena tarp dviejų valstybių, tačiau Lietuva šito nepripažino. O juo labiau Perloja. Kaip gali gimtojo miestelio dalis, esanti kitoje upės pusėje – Merkio kairiajame krante išsidėsčiusi Anošalis – būti kitos valstybės teritorija? Kai kurių Klaipėdos vaduotojų ten buvo namai! Vienintelė mintis nedavė ramybės Perlojos kariams – reikia išvyti lenkus. Vienintelis tikslas užvaldė perlojiškius – išvaduoti Anošalį. Kautynės įvyko 1923 m. vasario 26 d. Perlojiškius įkvėpė parapijos klebonas Leonas Petkelis, o į mūšį vedė Kazys Tumpa. Mūšis giliai įsirėžė perlojiškių atmintin: daugybė pasakojimų variantų dar ir šiandien sklando po Perloją.

Nuostabiausias Lietuvos laikų perlojiškių materialinės kultūros palikimas yra per itin trumpą laiką pastatyta naujoji bažnyčia ir Vytauto Didžiojo paminklas.
Trečiajame dešimtmetyje Perlojos savivalda buvo gerokai nuslopusi, tačiau perlojiškiai be darbo negalėjo būti. Jie sumanė, kad šitiek kovoję dėl laisvės, neturi jokio paminklo, prie kurio galėtų didžiuodamiesi savo vaikaičiams pasakoti apie Perlojos vyrų drąsą ir meilę laisvei. Artėjant 1928 m. šaliai ir visuomenė pradėjo bruzdėti, kad reikia paminėti Perlojos savivaldos dešimtąsias metines ir pastatyti paminklą. Iš pradžių buvo planuojama statyti paminklą laisvei, sakoma, kad buvusi idėja aikštėje iškelti angelą, tačiau nebuvo prieita prie bendro sutarimo. 1928 m. pavasarį, balandžio 14 d., susirinkę šauliai nutarė statyti Laisvės paminklą, tačiau vis dar ne paminklą Vytautui Didžiajam. Tų pačių metų rugsėjo 10 d. visuotiniame šaulių susirinkime nutarta suvežti iš laukų žvyro ir akmenų paminklo statybai. Statybos nepajudėjo. Artėjo Vytauto Didžiojo 500 metinių minėjimas, kuriam Lietuvoje itin ruoštasi. Po miestelius ir kaimus buvo vežiojamas Vytauto paveikslas, bažnyčiose meldžiamasi. 1929 m. Perlojos šauliai kartu su visuomene apsisprendė, kad jų kovas už laisvę puikiai atspindės iškili kunigaikščio figūra. Buvo suburtas paminklo statybai komitetas. Spaudoje dažnai pasitaiko klaidų, nes nurodoma, kad paminklas buvo pastatytas 1930 m. Tačiau kad ir kokie atkaklūs perlojiškiai buvo, per tokį trumpą laiką pastatyti dviejų tokių didelių statinių negalėjo įstengti. Perlojiškiai projektą parengti užsakė jaunam dailininkui, grafikui, dar tikriausiai tik studentui, Petrui Tarabildai. Tai buvo kapitalinė šaulių statyba, vėl mobilizuotos visos jėgos, papildomas lėšų rinkimas, įvairios loterijos. 1931 m. vasarą paminklas jau stovėjo. Perlojiškiai pasakoja, kad ir maži, ir seni rinko po laukus akmenis. Anot perlojiškių, paminklą statė visi, ir kitų parapijos kaimų žmonės, kas tik kuo galėjo prisidėti, nepaisant tautybės, religijos. Labai geru žodžiu prisimenami Perlojos žydai.

Paminklas pastatytas miestelio centre, aikštėje priešais bažnyčią, dirbo architektas Stasys Neliubšis. Priešingoje postamento pusėje užrašas: VYTAUTE DIDYSAI! GYVAS BŪSI KOL GYVAS NORS VIENAS LIETUVIS. Vytauto skulptūra su karūna, šarvais, kalaviju rankoje ir skydu, atsisukusi į Anošalį. Perlojiškiai sako, kad šitaip pastatė, kad Anošalyje lenkai bijotų.

Paminklas buvo atidengtas 1931 m. liepos 19 d. Paminklą pašventino kun. S. Kiškis. Kai prasidėjo okupacija, paminklą norėta nuversti. Juk tai vienas iš aukščiausių paminklų Vytautui Didžiajam pastatytų Lietuvoje. Sakoma, kad pirmiausiai į jį šaudė vietos stribai, vėliau bandė nutempti arkliais, paskui atsivarę „Stalinecą“ . Akivaizdu, kad nugriauti nepavyko. Į paminklo postamentą buvo įtvirtinti du geležinkelio metaliniai bėgiai. Perlojiškiai gali pagrįstai didžiuotis per juodžiausią okupaciją išsaugoję Vytautą.

II Pasaulinio karo pradžią Perloja pajuto iškart: lenkų kariuomenės pozicijų bombardavimas vyko čia pat už Merkio, Anošalyje.

1940-ųjų birželio 15 d. sovietinės armijos daliniai peržengė Lietuvos sieną. Pirmoji okupacijos auka buvo Lietuvos pasienietis, kariuomenės atsargos viršila, Šaulių sąjungos narys, Ūtos pasienio sargybos viršininkas Aleksandras Barauskas. Aleksandras Barauskas palaidotas Perlojos kapinėse, greta kovose žuvusių perlojiškių A. Dabrilkos ir V. Kaminsko.

Šiandien niekas tiksliai negali pasakyti, kurie: vokiečiai ar sovietai susprogdino Perlojos tiltą. Vieni sako, jog susprogdino traukdamiesi vokiečiai, kad negalėtų per Merkį persikelti rusai, kiti – kad subombardavo rusų bombonešiai.

Sovietinės armijos daliniai Perloją užėmė 1944 m. liepos 12 d. ar 13 d. Prasidėjo sovietizacija. Paskelbus mobilizaciją, apylinkėse prasidėjo partizaninis judėjimas, susiformavo pirmieji kovotojų būriai. Perlojos ir jos apylinkių vyrams vadovavo Adolfas Baublys-Merkys-Vytis. Priešinimasis kėlė dar didesnį okupanto įniršį. Partizanų artimieji ar juos palaikantys buvo tremiami. Iš Perlojos buvo ištremtos 27 šeimos, o jų sodybos išplėštos ir sunaikintos. Tie, kurie nebuvo išvežti, buvo varomi į kolchozą. Pradėti organizuoti „Gegužės pirmosios“ ir „Perlo“ kolūkiai. Nepaisant nepalankių sąlygų, miestelis ėmė iš lėto atsikurti.

1949 metais senoji Perlojos pradinė mokykla buvo reorganizuota į septynmetę, vėliau aštuonmetę. Perlojos mokykla buvo laikoma viena iš geriausių mokyklų Varėnos rajone

1959 m. buvo įkurta Lietuvos žemdirbystės instituto Perlojos bandymų stotis ir eksperimentinis ūkis. Bandymų stotis tyrė Pietryčių Lietuvos lengvų dirvų sukultūrinimo klausimus, kūrė žemdirbystės sistemą tinkančią šiam kraštui.

1988 m. kuriantis ir plečiantis Sąjūdžiui iniciatyvūs perlojiškiai nutarė įkurti Sąjūdžio skyrių ir Perlojoj. 1991 m. sausio 11 d., iškilus pavojui Lietuvos valstybei, perlojiškiai vyko saugoti Parlamento.

Nepriklausomybė sudarė galimybę bent iš dalies atkurti teisingumą – nuspręsta pastatyti žuvusiems už laisvę partizanams paminklą. 1995 m. rugsėjo 10 d., sekmadienį, paminklas žuvusiems „Už Perloją ir visą Lietuvą“ buvo atidengtas. 1996 m. rugpjūčio 10 d. buvo perlaidoti „Merkio“ būrio partizanų palaikai. Kautynėse žuvusių partizanų kūnai stribų buvę suvežti į Varėną ir suversti rūsį šalia geležinkelio bei užpilti kalkėmis.

Marija Lūžytė