Apie 1766 m. Kiaunorių dvare pastatyta koplyčia. Vietoj jos 1856–1859 m. pastatyta mūrinė koplyčia. Vokietijos kariuomenė 1915 m. koplyčią sudegino. Į Kiaunorius 1918 m. paskirtas nuolatinis kunigas Jurgis Deveikis (pamaldas jis laikė klebonijoje).

1925–1926 m. koplyčia atstatyta. 1935 m. ji tapo filija. 1944 m. bažnyčia sugriauta. Laikina įrengta parapijos salėje. 1959 m. sudegė. Kiaunorių kunigas Bronislovas Gaižutis (1905–1984) buvo nuteistas 10 m. ir ištremtas į Sibirą, kuratas Paulius Jasienskis taip pat ištremtas į Sibirą; negrįžo.

1991 m. bažnyčia atstatyta ir vėl pradėjo veikti.