Mickūnai kaip gyvenvietė ir dvaras minimi XV amžiaus pradžioje. Tuo metu jie priklausė Vilniaus kapitulai. 1744 m. čia buvo pastatyta bažnyčia – dabartinės bažnyčios prototipas. Iki XVIII amžiaus Mickūnai buvo kunigaikščio Puzino nuosavybė, o 1818 metais jie atiteko Augustui Liudvikui Bekiu (1771-1824), Vilniaus Universiteto medicinos profesoriui, skiepų nuo raupų išradėjui. Profesorius A.L. Bekiu buvo Julijaus Slovackio patėvis, tad jaunas poetas dažnai lankydavosi Mickūnuose. 1802 m. Mickūnuose gimė Stanislavas Moravskis (mirė 1853 m.), Filaretų ir Filomatų draugijos narys, gydytojas, puikių memuarų autorius. XIX amžiaus pabaigoje Mickūnai buvo valsčiaus centras. Čia veikė malūnai, lentpjūvės, spirito varykla. 1867 m. atidaryta pradinė mokykla.

1744 m. čia buvo pastatyta bažnyčia – dabartinės bažnyčios prototipas.
Dabartinė mūrinė Mickūnų Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų bažnyčia pastatyta 1826 m. Tai ankstyvojo klasicizmo, stačiakampio plano, su bokštelių pastatas. Šventoriaus tvora medinių statinių. Šventoriuje stovi stulpinė varpinė.