Istoriniuose šaltiniuose Beržėnų gyvenvietė minima nuo XV a., o XIV a. čia buvo valsčiaus centras. Beržėnų dvaras siejamas su sena žemaičių bajorų gimine – Šemetomis. Dvaro savininkai ne kartą keitėsi. Dabartiniai rūmai statyti ~1840 metais, ryškiai matomi neogotikos bruožai. Dvaro istorija labai lietuviškai standartiška: per šimtmečius keitėsi šeimininkai, dvaras keletą kartų buvo atstatomas. Dabartinę savo neogotikinę išvaizdą rūmai įgavo XIX amžiaus pabaigoje, kai juos įsigijo Adolfas Čapskis.

Yra žinoma, kad šalia rūmų buvo pasodintas angliško stiliaus parkas, iškasti tvenkiniai, o Beržėnų dvaro interjeras buvo labai prabangiai įrengtas, sukaupta nemaža meno dirbinių kolekcija. Čapskis neįvertino savo finansinių galimybių prabangiai įrengdami dvarą, prasiskolino ir 1902-1903 metais Beržėnų dvarui buvo paskelbtas bankrotas.

Vėliau dvaras pradėjo nykti. Per pirmąjį pasaulinį karą dvaras nenukentėjo, bet Čapskiams jau priklausė mažiau žemės. Po Antrojo pasaulinio karo pastatai buvo nusavinti, juose veikė visokios organizacijos, kol galiausiai Beržėnų dvaras buvo apleistas ir pradėjo nykti.

Sovietmečiu dvaro pastatai priklausė Šiaulių autobusų parkui – juose kurį laiką veikė sveikatingumo centras.

1996 m. Beržėnų dvaro sodybos kompleksas, turintis architektūrinę, urbanistinę, kraštovaizdinę vertę, įtrauktas į Lietuvos nekilnojamųjų kultūros vertybių registrą. Jam priklauso rūmai, skalbyklos, koplyčios (rūsiuose – Čapskių giminės palaikai), sarginės, kiaulidės, svirno, karvidės, namo, tvarto, spirito varyklos pastatai ir parkas
Prieš 8 metus dvaras už 300 tūkst. litų parduotas naujam savininkui, kurio iniciatyva buvo pradėti rekonstravimo darbai, bet dėl lėšų stygiaus savininkas darbus sustabdė, o Beržėnų dvaras tapo namu-vaiduokliu (nejaukiai nuteikia ant dvaro bokšto sustatyti pastoliai, aplinkui apžėlęs ir neprižiūrimas parkas, užkaltos durys ir langai).

Žmonės kalba, kad vaikštant aplink Beržėnų dvarą, galima girdėti iš pastato vidaus sklindančius keistus garsus. Aplinkiniai gyventojai bei dvare apsilankę žmonės teigia, kad dvaras, tiek šalia jo esantys pastatai, tiek parkas nuteikia nemaloniai ir sukuria slogią nuotaiką, būtų tinkami siaubo filmams.