Pirmosios žinios apie Vaiguvoje esančius katalikų maldos namus siekia 1497 m., kai Stanislovas Kęsgaila prie Kražių bažnyčios įsteigė altariją. 1530 m. Kražių altarista Vaiguvoje pastatydino katalikų bažnyčią, kuri buvo Kražių parapijos filija. Ši bažnyčia 1567 m. atiteko kalvinams, tačiau vėliau katalikai ją atsiėmė.

Nauja medinė šv. Jono Krikštytojo bažnyčia Vaiguvoje 1719 m. Žemaičių vyskupo Aleksandro Gorainio lėšomis pastatė vietiniai meistrai. Nuo 1776 m. įsteigta atskira Vaiguvos parapija, o bažnyčiai paskiriama daugiau kaip valaką žemės. Kasmet bažnyčios išlaikymui buvo paskiriama po 300 auksinų, kuriuos privalėjo duoti Varnių kunigų seminarija.

1794 – 1804 m. Žemaičių vyskupas Juozapas Giedraitis Vaiguvoje pastatydino naują dvibokštę Dievo Motinos bažnyčią. Bažnyčios šventoriuje 1841 m. vietinis meistras Motiejus Butvila pastatė originalią varpinę, kuri yra išlikusi iki šių dienų.

1877 m. klebono Kazimiero Žemavičiaus (Žeimovičiaus) rūpesčiu ir parapijiečių lėšomis buvo nuo pamatų perstatyta Vaiguvos šv. Jono Krikštytojo katalikų bažnyčia, kuria parapijiečiai naudojasi ir dabar.
Bažnyčia liaudies architektūros formų, stačiakampio plano, su bokšteliu. Yra 3 altoriai. Bažnyčioje – 1944 m. tapytas Zigmo Petravičiaus molbertinės tapybos paveikslas "Šventoji Trejybė virš Vilniaus katedros“ yra dailės paminklas. Šventoriaus tvora akmenų mūro. Šventoriuje stovi medinė varpinė ir koplytstulpis su 4 ornamentuotais kryželiais ir Nukryžiuotojo skulptūra (1885m.). Varpinėje esantys du varpai (1788m. ir 1910m.) yra saugomų valstybės sąrašuose.

Šv. Jono Krikštytojo bažnyčios ansamblis: bažnyčia, medinė varpinė, šventoriaus tvora ir vartai, koplytstulpis, Nukryžiuotojo skulptūra yra architektūros paminklai saugomi valstybės.

Evaldas Butkus