1517 m. Karalius Žygimanto Senojo paliepimu buvo įsteigta Linkmenų parapija ir pastatyta medinė bažnyčia bei varpinė. 1554 m. minima sumenkusi bažnyčia. 1645 m. pastatyta nauja. Grafas Tiškevičius 1720 m. pastatė medinę bažnyčią. 1882 m. patvirtintas karo inžinieriaus Čerkasovo naujos mūrinės bažnyčios projektas. Pastatyta 1887 m. Bažnyčia kelis kartus nukentėjo nuo karų. Bažnyčia istoristinė. Tai originalus 19 a. akmenų ir plytų mūro pastatas su eklektikos ir neoromantikos stilių bruožais. Dekoratyvia kompozicija išsiskiria altoriai, presbiterijos baliustrada, sakykla, Dievo Motinos statula, originalūs vargonai, paauksuotuose rėmuose ant drobės tapyti paveikslai, ornamentuoti spalvotais stiklais langai. Birželio mėn. Švenčiami Švč. Trejybės, rursėjo mėn. Šv. Mykolo atlaidai. 1998 m. Ignalinos rajono savivaldybės skirtomis lėšomis suremontuotas bažnyčios kupolas.