1773 m. bajoras Mikalojus Šmigelskis Ceikiniuose pastatė medinę bažnyčią ir paskyrė jai beneficiją. 1904 m. kun. Jono Burbos rūpesčiu Ceikiniai tapo parapija. I-ojo pasaulinio karo metais bažnyčia sudegė ir atstatyta tik po karo. 1947 m. klebonas Bronius Laurinavičius bažnyčią padidino. 1963-1979 m. klebonavo Karolis Garuckas, aktyviai gynęs tikinčiųjų teises (palaidotas šventoriuje). Bažnyčia liaudies architektūros formų, stačiakampio plano, su bokšteliu. Įrengti trys altoriai. Šventoriuje stovi 3 aukštų medinė varpinė. Bažnyčioje yra kultūros paminklas – krucifikso skulptūra „Nukryžiuotasis“. Tai 20 a. I pusės liaudies meistro darbas.

2016m. balandžio 5 d. ši bažnyčia sudegė.