Pirmą kartą istoriniuose rašytiniuose šaltiniuose Molėtų vardas paminėtas 1387 m. vasario 17 d. Jogailos dovanojimo rašte, kuriuo įteisinami naujai įkurtos Vilniaus vyskupijos dovanojami dvarai ir žemės.

Kada buvo pastatyta pirmoji bažnyčia Molėtuose - nėra jokių žinių, tačiau galima spėti, kad tai įvyko XIV a. pabaigoje ar XV a. pradžioje, nes naujose vyskupijos žemėse buvo sparčiai statomos bažnyčios: 1387 m. Jogaila pastato bažnyčią Tauragnuose, netrukus Vytautas pastato bažnyčią Utenoje ir 1410 m. Giedraičiuose. Greičiausiai apie šį laiką bažnyčia buvo pastatyta ir Molėtuose.

1522 m. vizitacijos raštuose Molėtų bažnyčia jau minima.

1700 m. vyskupas Bžostovkis pastatė naują medinę bažnyčią. 1781 m. Molėtų parapija turėjo 3027 parapijiečius. XVIII a. Molėtuose jau buvo ir parapijinė mokykla. Ją mini 1804 m. ir 1828 metų vizitacijos aktai.

1905 m. kunigas Kazimieras Bandzevičius su parapijiečiais pradėjo naujos mūrinės bažnyčios statybą, o 1907 m. pastatytą bažnyčią konsekravo Vilniaus vyskupas E. Roppas. Lenkams okupavus Vilniaus kraštą, Molėtai tapo Kaišiadorių vyskupijos parapija ir dekanato centru.

XX-XXI a. iš Molėtų parapijos kilo kunigai: kun. Kulbis, kun. Jonas Žvinys, kun. Petras Guobys, kun. Vidas Jelinskas, kun. Povilas Stankevičius, kun. Marius Talutis.
Molėtų parapijoje tarnavę kunigai

Patys seniausi duomenys apie Molėtų kunigus neišlikę, o iš esamų dokumentų galima atsekti, kad Molėtų parapijoje klebono pareigas ėjo šie kunigai:

Nuo 1681 m. - kun. Jonas Kazimieras Bžeševskis
Nuo 1693 m. - kun. Petras Mikalojus Ruškevičius
Nuo 1729 m. - kun. Karolis Jonas Mereckis
Nuo 1747 m. - kun. Petras Jonas Reminkevičius
Nuo 1750 m. - kun. Ignas Domininkas Oniševkis
Nuo 1770 m. - kun. Antanas Januškevičius
Nuo 1804 m. - kun. Pranciškus Butrimas
Nuo 1820 m. - kun. Petras Staševičius
Nuo 1829 m. - kun. Benediktas Bankovskis
Nuo 1861 m. - kun. M.Staševskis
Nuo 1874 m. - kun. Pikturna
Nuo 1876 m. - kun. Teodoras Obolevičius
Nuo 1891 m. - kun. Jonas Navickas
Nuo 1899 m. - kun. Kazimieras Bandzevičius
Nuo 1924 m. - kun. Matas Lajauskas
Nuo 1941 m. - kun. Juozapas Kraujalis
Nuo 1943 m. - kun. Jonas Dzekunskas
Nuo 1954 m. - kun. Juozapas Andrikonis
Nuo 1955 m. - kun. Jonas Mintaučkis
Nuo 1960 m. - kun. Bronius Bulika
Nuo 1967 m. - kun. Juozapas Andrikonis
Nuo 1973 m. - kun. Romualdas Šalčiūnas
Nuo 1977 m. - kun. Ignacas Milašius (T. Adomas) OFM Cap.
Nuo 1992 m. - kun. Zenonas Navickas
Nuo 1993 m. - kun. Vilnis Viktoras Cukuras