Dzūkų kraštotyros draugijos iniciatyva muziejus įkurtas 1928 m..
Muziejaus ekspozicija sudaro turtinga archeologijos, numizmatikos, etnografijos, spaudos, fotografijos ir kitokių kolekcijų. Muziejuje galima susipažinti su Dzūkijos istorija nuo seniausių laikų iki pokario, XX a. pr. valstiečių buitimi, verslais, amatais. Muziejus turi 415 drugelių kolekcija.

Muziejuje daugiau kaip 56 000 eksponatai nuo mezolito laikotarpio iki šių metų. Tai istorinė, etnografinė, archeologinė medžiaga, patekusi į muziejaus fondus iš Alytaus, Varėnos, Lazdijų, Druskininkų regionų.