1514 m. Barbora Pečkaitė įsteigė parapiją ir jai paskyrė žemės ir miško. Ji ir jos įpėdiniai Liutkai įsipareigojo išlaikyti kleboną, kasmet skirdami jam 5 kapas grašių. 1528 m. Albertas Kmita turtus padidino. Klebonas iš dvaro gaudavo įvairių privilegijų, už tai turėjo išlaikyti mokytoją arba klieriką.

Pirmoji Saločių bažnyčia buvo maža, medinė. XVI a. antrojoje pusėje Biržų Radvilos atėmė katalikų parapijos turtus, bažnyčią sugriovė ir jos vietoje pastatė reformatų maldos namus. 1632 m. katalikai iškėlė Radvilai bylą ir ją laimėjo. Apie 1644 m. pastatyta katalikų bažnyčia. Jai paskirtas Tauprių kaimas. Apie 1755 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. 1835 m. atnaujinta. 1841 m. Saločiuose gyveno 4 kunigai, klebonas valdė 8 valakus žemės. Klebonas Orlauskas gavo Kauno gubernatoriaus leidimą remontuoti bažnyčią. Remonto pretekstu jis 1873 m. pastatė naują medinę. 1879 m. ją konsekravo pavyskupis Aleksandras Beresnevičius. Kauno gubernatorius 1887 m. leido apmūryti kapines. 1911 m. įsteigtas Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Klebonas Aleksandras Štombergas 1926–1928 m. bažnyčią atnaujino ir sutvirtino. 1944 m. liepos 26 d. ji sudegė, išsilydė varpinės varpas.

Administratorių kunigų Kazimiero Pukenio ir Antano Balio rūpesčiu bažnyčia 1945 m. įrengta mūrinėje dviaukštėje klebonijoje. Šventoriuje palaidotas klebonas A. Štombergas.