Bažnyčią norėta įrengti prieš Pirmąjį pasaulinį karą. Į Skrebotiškį 1918 m. atsiųstas kunigas Adomas Kačkus. Senas mūrinis grūdų sandėlis pertvarkytas į bažnyčią. Juozapas Žagrakalys jai 1922 m. dovanojo 15 ha žemės Kildiškių kaime. 1925 m. ši žemė pakeista į kitą, esančią netoli šventoriaus. Šventorius 1924–1925 m. apmūrytas. Jame 1935 m. pastatyta medinė varpinė. 1938 m. išdažytas bažnyčios vidus.