Šios bažnyčios istorijos pradžią sunku atsekti. XIX a. pradžioje jau tikrai buvo maldos namai – Alkiškių dvaro nuomininkas Magnus pastatė liuteronams medinius maldos namus, kurie buvo 1829 m. pašventinti. 1861-1865 m. už parapijiečių lėšas buvo pastatyta nauja bažnyčia. Ji pastatyta ant kalnelio, apsupta kapinių. Bažnyčios architektūrinei kompozicijai būdinga romantinei klasicizmo transformacijai. Pastatas sumūrytas iš akmenų su baltais tinko apvadais. Lietuvoje liko trys nuo karo nenukentėjusios latviškų parapijų bažnyčios, viena iš jų – Alkiškių evangelikų liuteronų bažnyčia.