Manoma, kad Žygaičiuose 1608 m. pastatyta koplyčia, 1785 m. – bažnyčia. Ji XIX a. vid. sudegė. Klebono Vincento Norvaišo rūpesčiu 1861 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. 1862 m. įkurta parapija. XIX a. viduryje veikė parapinė mokykla. Klebono Motiejaus Petronio rūpesčiu 1908 m. apmūrytas šventorius, nišose įrengtos gipsinės Kryžiaus kelio stotys.

1868–1869 m. klebonas Vincentas Norvaišas redagavo ir rengė spaudai Motiejaus Valančiaus rankraščius. 1871 m. ištremtas į Tomsko guberniją.
Bažnyčios bokšte du varpai - vienas lietas 1772 m., kitas 1875 m. Varšuvoje.

Bažnyčia istoristinė, turi neoromaninės architektūros bruožų, halinė, stačiakampio plano, su bokšteliu. Joje yra 3 altoriai. Šventoriaus tvora ažūrinio mūro.