Į Pusnę steigti parapijos 1922 m. paskiriamas iš Rusijos grįžęs kunigas Justinas Jurkūnas. Iš pradžių pamaldos laikytos privačiuose pastatuose. Andrius ir Jadvyga Daminskai būsimai bažnyčiai dovanojo žemės. Už 1000 litų nupirkta senoji medinė Kiauklių bažnyčia ir pastatyta Pusnėje.

1924 m. Pusnės klebonu paskirtas Albertas Želnia-Želnys. Jo rūpesčiu bažnyčia dvigubai padidinta, pristatytas bokštas ir 1927 m. konsekruota. 1939 m. paskirto klebono V. Balčiaus iniciatyva šventorius apmūrytas akmenų tvora. Klebonas V. Balčius (g. 1907 m.) su broliu 1941 m. nužudytas besitraukiančių raudonarmiečių.