1992 m. gruodžio mėn. susibūrė iniciatyvinė grupė, kurios tikslas buvo pastatyti mieste antrąją katalikų bažnyčią ir atkurti parapiją naujoje miesto dalyje. Šiai grupei priklausė architektas Remigijus Kazlauskas, poetė Sofija Šviesaitė, parapijiečiai Jokimas Raila ir Vytautas Gargasas, kunigas Tadas Poška (grupės pirmininkas). 1993 01 16 ši grupė Mažeikių rajono savivaldybei pateikė prašymą skirti Mažeikių naujamiestyje sklypą antrosios katalikų bažnyčios statybai. Po prašymu buvo trisdešimt du lapai tikinčiųjų parašų. 1993-01-26 buvo sudaryta tarpžinybinė komisija naujų maldos namų vietai parinkti. Bažnyčios statybai buvo pasiūlyti keturi sklypai. Buvo pasirinktas dabartinis bažnyčios sklypas, dėl kurio kilo nemažai ginčų, nes buvo tvirtinama, kad šis sklypas visiškai netinka naujosios bažnyčios statybai. 1995-04-04 Mažeikių muziejuje įvyko naujosios bažnyčios projektų konkursas. Iš trijų pateiktų projektų geriausiu pripažintas architektų R. Kazlausko ir H. Štaudės projektas: trikampio formos pastatas su 25 m aukščio bokštu. 1994 m. birželio mėn. būsimos bažnyčios vietoje pašventintas kryžius. 1996-05-12 naujosios bažnyčios statybos teritorijoje, virš iškilusių būsimo centrinio altoriaus pamatų, buvo laikomos pirmosios Šv. Mišios, kurias laikė Telšių Vyskupas Antanas Vaičius. Tą pačią dieną buvo pašventintas ir šios bažnyčios kertinis akmuo.