Pirmoji bažnyčia, kaip Žygimanto Kęstutaičio padėka Dievui už pergalę Pabaisko mūšyje, buvo pastatyta 1436 m. ir paskirta Švč.Trejybės Dievo Motinos, Šventojo Egidijaus vienuolio ir Šventojo Jurgio kankinio garbei. Tris kartus bažnyčia buvo atstatoma. 1819-1836 m. pastatyta dabartinė bažnyčia. Bažnyčios sienos, varpinė, šventoriaus tvora ir vartai sumūryti iš lauko akmenų. Bažnyčia klasicistinė, stačiakampio plano, su bokšteliu. Išsaugotas ir užrašas virš bažnyčios durų „DOMUS MEUS DOMUS ORATIONIS EST“ („Mano namai yra maldos namai“). Pabaisko bažnyčioje yra vertingų paminklinių kūrinių: vargonai yra vieni vertingiausių vėlyvojo baroko mažųjų vargonų Lietuvoje. Yra 4 molbertinės tapybos paveikslai: XVIII a. antrosios pusės paveikslai „Šv. Jurgis“ (drobė, aliejus; 250x144 cm), „Marija Sopulingoji“ (drobė, aliejus; 161x91 cm) bei XIX a. paveikslai „Šv. Juozapas“ ir Nežinomo vyskupo portretas [10, 22]. Bažnyčioje yra XVIII a. paauksuoto sidabro barokinė monstrancija [27]. Šventoriaus tvora – akmenų mūro su puošniais vartais. Šventoriuje stovi prašmatniu romantizmo stiliumi mūryta varpinė (architektas Karolis Gregotovičius) [1].

Bažnyčios šventoriuje, minint 550 metų pirmosios ir 150 metų dabartinės bažnyčios jubiliejus, 1986 m. buvo pastatytas koplytstulpis – medinis Kristus surištomis rankomis.

Taip pat prieš bažnyčią 1988 m. pastatytas didelis medinis kryžius, skirtas atgimstančiai Lietuvai.