Seni žmonės pasakoja, kad dabartinėje bažnyčios vietoje yra buvusios Dauginių kapinės, kuriose 1709 - 1711 metais galėjo būti laidojamos maro aukos. Dauginiuose bažnyčią buvo nuspręsta statyti todėl, kad per atlaidus, katalikų šventes žmonėms būdavę sunku pasiekti Viekšnių, Tryškių, Šiaudinės bažnyčias.

1942 m. balandžio mėn. Telšių vyskupas J.Staugaitis pasikvietė Tryškių kleboną kunigą Pranciškų Baltrumą ir paprašė pastatyti Dauginiuose bažnyčią ir praplėsti kapus. Tačiau klebonas dėl nežinomų priežasčių atsisakė rūpintis bažnyčios statyba ir tuo užsiimti paprašė kunigo, vėliau tapusio vyskupu Stanislovo Ilinčiaus (1887-1947). Buvo suburtas statybos komitetas (pirmininkas Aleksandras Labaunauskas, nariai - Jonas Labanauskas, D.Munius, B.Prialgauskas, Mačius, D.Plonys, V.Bogužas, K.Jurevičius, J.Tumavičius, B.Gelžinis, S.Milieška, Kazimieras ir Kostas Bernotai). Žmonės prisidėjo pinigais, statybine medžiaga. Padėta statyti 1942 m. gegužės mėn. Vincas Bogužas Boleslovo Prialgausko lentpjūvėje ruošė medieną, paveikslus piešė žinomas bažnyčių dailininkas Stasys Kinčinas, dažė Kazimieras ir Levis Dargiai iš Viekšnių.

1943 m. rugsėjo 19 d. Dauginių bažnyčią pašventino vyskupas Vincentas Borisevičius, suteikdamas Šventojo Stanislovo vardą. Nuo tų metų Dauginių bažnyčioje švenčiami dveji atlaidai: gegužės 8-ąją - Stanislovo, rugsėjo 19-ąją - bažnyčios įšventinimo.

Dauginių bažnyčioje be kunigo S.Ilinčiaus yra dirbę kunigai Jukna, Virkutis, Veselis, Sova, Vaitiekaitis, H.Sirtautas (išdirbęs 30 m.), Šlepavičius, R.Žulpa ir nuo 2002 m. Kęstutis Zybartas. 2002 m. Dauginiuose užsirašė save katalikais laikančiais 56 vietiniai gyventojai.