Pirmoji bažnyčia minima 1585 m. Antrąją bažnyčią 1611 m. pastatė Dimitrijus Kurbskis. Jai skyrė 7 valakus žemės su baudžiauninkais. 1611 m. įsteigta parapinė mokykla. 1643 m. pastatyta klebonija, mokykla.

1736 m. inventoriuje minima nauja bažnyčia. Per 1794 m. sukilimą pagrobta daug bažnyčios brangenybių. 1796 m. klebonijai priklausė 3 valakai žemės prie Krinčino ir Šniukštų kaimas (12 valakų).

Klebono kanauninko Jono Jeronimo Šarkevičiaus rūpesčiu 1777–1782 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Krinčine 6 m. vikaravo poetas Antanas Vienažindys (1841–1892). Klebonas M.Požėla 1908 m. pastatė plytų mūro varpinę. Meistras Antanas Krivickas bažnyčią 1939 m. naujai išdažė.

Bažnyčia vėlyvojo baroko stiliaus, stačiakampio plano, bazilikinė, dvibokštė. Vidus 3 navų (šoninės siauros ir žemos). Vidurinę navą dengia cilindriniai skliautai. Yra 5 altoriai. Šventoriaus tvora akmenų ir skaldos mūro. Prie tvoros priglaustos Kryžiaus kelio stočių koplytėlės. Šventoriuje stovi istoristinių formų 3 tarpsnių plytinė varpinė. Jame palaidotas kunigas Zenonas Karečka (1890–1952), 1946 m. buvęs suimtas.