Batakių parapijos įkurimo data laikoma 1884-ieji metai, kai nuo vokiškai kalbančios Skaudvilės parapijos atsiskyrė lietuviškai kalbantys batakiškiai evangelikai; tais metais buvo padėtas kertinis akmuo bažnyčios statybai. Taigi Batakių parapija yra viena iš jaunesniųjų Lietuvos evangelikų liuteronų parapijų. Bažnyčia buvo pastatyta gana greitai ir 1885 m. spalio 27dieną buvo pašventinta. Vėliau buvo pastatytas kantoratas, kuriame gyveno kantorius ir buvo įrengtos patalpos konfirmandų mokymui. Čia vaikai buvo mokomi katekizmo, giesmių giedojimo, taip pat kartu su suaugusiais skaityti ir rašyti. Dar vėliau pastatyti kiti ūkio pastatai. Dabartinė mūrinė klebonija statyta po Pirmojo pasaulinio karo. 1928 m. namas buvo iš dalies įrengtas ir jame galėjo apsigyventi kunigas. Parapija turėjo apie 8 hektarus žemės.

Batakius aptarnaudavo Tauragės parapijos kunigai: Jonas Pipiras (1872-1882), Martynas Keturakaitis (1883-1892), Gustavas Matisonas (1893-1911), Augustas Vymeris (1911-1942), trumpiau tarnavo kunigas Samuelis Vairauchas, kunigas Martynas Preikšaitis, kunigas Adolfas Keleris. Batakiuose gyveno ir tarnavo apsišvietęs kantorius Fridrikas Ima (1899-1910). Jis paruošė ir lietuvių kalba išspausdino pirmąją Šv. Rašto istoriją išvertęs ją iš latvių kalbos. Fridrikas Ima mirė Batakiuose, ilsisi palaidotas Mažintų kapinėse (iš "Evangelikų bažnyčios kalendorius" 1986 m.).

Ilgą laiko tarpą Batakiuose tarnavo kunigas Mikas Preikšaitis. Ordinuotas į kunigus 1944 m. konsistorijos pirmininko E. Leijerio pavedimu jis didžiąją gyvenimo dalį pragyveno Batakiuose, nors aptarnaudavo dar ir Skaudvilės, Šilutės ir Klaipėdos parapijas. Žmonės jį prisimena kaip griežtą, neretai per pamokslus pabarantį, be galo kuklaus ir asketiško gyvenimo būdo kunigą. Turėjo sukaupęs didelę biblioteką, kuri po mirties atiteko jo giminėms Gocentams. 1972 m. spalio 20 d. kunigui M. Preikšaičiui mirus, parapiją aptarnavo vyskupas Jonas Viktoras Kalvanas vyresnysis, po to vyskupas Jonas Viktoras Kalvanas jaunesnysis. Šiuo metu parapiją aptarnauja kun. Mindaugas Dikšaitis.