Eitminiškės 1685 m. paskirtos Vilniaus misionieriams. Manoma, kad tada jie pastatė koplyčią. Ją Rusijos carinė valdžia po revoliucijos 1866 m. uždarė.

1922 m. įkurta parapija. 1924 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Į Eitminiškės klebonauti 1934 m. paskirtas kunigas Ambraziejus Jakavonis (1886–1944), lietuvių visuomenės veikėjas. Spaudoje skelbta A. Jakavonio žūties data, 1943 m. balandžio 25 d., kai per Šv. Velykas į kleboniją įsiveržęs Armijos Krajovos būrys jį išsivedė ir nežinomoje vietoje nužudė, pagal išlikusius dokumentus ir liudijimus patikslinta – 1944 m. balandžio 11 arba 12 d.. Kunigo atminimui 1988 m. šventoriuje pastatytas paminklinis akmuo (arch. Napalys Kitkauskas).