1583 m. į žemaičių žemę atvykę jėzuitai stengėsi atgauti protestantų pasisavintas bažnyčias ir patraukti į savo pusę kuo daugiau didikų – naujų bažnyčių fundatorių. Anot Motiejaus Valančiaus, tuo metu „namai Dievo tarsi dygte iš žemės pradėjo dygti“. Jei 1610 m. Žemaitijoje buvo 50 katalikų parapijų, tai 1639 m. – jau 100. (Algė Janavičienė „Lietuvos medinė sakralinė architektūra“ – monografija, 14 psl. Vilnius 1998).

1614 m. Batakių bažnyčia buvo perstatyta ir padidinta. Apie tos bažnyčios architektūrą žinių nedaug. Žinoma, kad ji buvo medinė. Bažnyčia pažymėta XVI a. antrosios pusės sudarytame plane. („Lietuvos TSR urbanistikos paminklai“). 1641 metų dokumentuose minimos Batakių klebono karčiamos (jų skaičius nenurodomas). 1644 m. buvo prie bažnyčios pastatyta špitolė. 1648 m. Batakiuose veikė parapijos mokykla. Prieš 1755-uosius metus buvo pastatyta klebonija ir varpinė, o 1768 metais – nauja bažnyčia ir špitolė. 1755 metų aprašyme pažymima, kad klebonija stovėjusi galu į šiaurę, o už jos buvusi sena karčema – „šinkas“ ir naujas bravoras. Varpinė ir špitolė, kaip ir bažnyčia bei klebonija, buvusios medinės.

1766 metais bažnyčia buvo perstatyta ir visus žavėjo savo įspūdinga barokinio stiliaus puošyba, ilgą laiką tai buvo seniausias liaudiškojo baroko pavyzdys Lietuvoje.

1800–1803 metais pastatyti klebono ūkiniai pastatai, o 1804 m. – klebonija. 1809 m. klebono jurisdikcijoje buvo 5 šeimos (arba 25-30 žmonių), tarp jų kubilius, degtindaris, 2 žydų šeimos. 1823 m. buvo pastatyta nauja, dviaukštė varpinė, o šventorius aptvertas egliniais pusrąsčiais tarp ąžuolinių stulpų. („Lietuvos TSR urbanistikos paminklai“).

XVIII a. pabaigoje Žemaičių vyskupiją sudarė 10 dekanatų: Alsėdžių, Joniškio, Kražių, Rietavo, Skuodo, Šeduvos, Šiluvos, Varnių, Veliuonos ir Viekšnių. Po 1795 metų, vyskupijai sumažėjus, buvo įkurtas naujas – Batakių dekanatas. 1804 metų ataskaitoje buvo minima jau 11 dekanatų. Kurį laiką Batakių dekanatas vyskupijos apyrašuose buvo vadintas „antraisiais Varniais“. Dar 1806 m. Batakių dekanas Jonas Dobkevičius pasirašinėjo kaip Varnių dekanas, pateikdamas žinias apie „antrųjų Varnių“ dekanatui priklausančias bažnyčias. Tikėtina, jog Batakių dekanatas buvo įkurtas vyskupu tapus Juozapui Arnulfui Giedraičiui. Jo valdymo metais didžiausi vyskupijos dekanatai buvo Joniškio, Rietavo ir Batakių – po 12 parapijų.

1820–1821 metų vizitacijos duomenimis, Batakių dekanate buvo 12 parapijų, 32 dvasininkai. Dekanatui priklausė ir Pašaltuonio benediktinų vienuolynas, taip pat Šilalės, Tauragės, Kaltinėnų ir kt. parapijos.

1841 m. Batakių bažnyčiai priklausė 28 valakai ir 15 margų žemės, 24 baudžiauninkai ir 148,64 sidabro rublio. Prie bažnyčios gyveno 3 kunigai. Klebonas Andrius Dobkevičius gaudavo 64 rublius metinės algos. Parapiją sudarė 2221 tikintysis. „Klebonije vidutine, dirwas newajsingas, miszka spiera gauti,“ – pažymi vyskupas Motiejus Valančius.

Batakių vikaras kunigas Jonas Ragauskas rusų buvo įtartas dalyvavęs sukilime ir įkalintas Kauno kalėjime, kur 1867 m. mirė. (Bronius Kviklys „Mūsų Lietuva“, 4 t. Vilnius, 1991).

Batakių parapijai 1846 metais priklausė: Batakių miestelis, Tadaušavos dvaras, Gerviečių, Lankininkų, Eidintų, Melagiškės, Mickiškių kaimai, Dugnų vienkiemis, Rikiškių, Steigvilų kaimai, Šiaudinės vienkiemis, Čiuteikių, Liaudginų, Pašešuvio, Ožnugarių kaimai, Paupynės vienkiemis, Varlaukėlių, Karklotės, Varlaukio bajorkaimiai, Skliausčių, Šveisčių, Minkšpaučių, Mišeikių, Juodpetrių, Vingiškių, Devynakių, Kasbarynų, Lomių kaimai, Asvyčių dvaras, Vėžlaukio bajorkaimis.

1970 m. vasarą sudegė Batakių Šv. Onos Marijos Motinos bažnyčia.

Gaisro metu buvo sunaikintas visas bažnyčios barokinis interjeras, daug kitų vertybių. Kiek nuošaliau nuo bažnyčios stovėjusi varpinė, kurioje saugomas 1676 m. Karaliaučiaus Šmidheno dirbtuvėse lietas varpas, išliko. Gaisro metu pavyko išgelbėti ir XIX a. II p. sukurtus nešiojamus altorėlius.
1989 m. vietoje sudegusios Batakių katalikų bažnyčios prie senosios varpinės pristatyta nauja Batakių bažnytėlė. Perstatytą bažnyčią 1991 m. spalio 13 d. konsekravo Telšių vyskupas Antanas Vaičius.