Juodšilių bažnyčios konsekracijai pasirinktą dieną prieš 41 metus mirė Dievo gailestingumo apaštalas palaimintasis kunigas M. Sopočka. Jis buvo Vilniaus arkivyskupijos kunigas, tuometinio Stepono Batoro universiteto profesorius, kariuomenės kapelionas, šventosios Marijos Faustinos Kovalskos nuodėmklausys. Kunigas, prisidengęs staliaus Vaclovo vardu, slapstėsi nuo vokiečių okupacinės valdžios Juodšilių miestelyje 1942–1944 m.

Juodšilių bažnyčia pradėta statyti 1936 m. seserų uršuliečių rūpesčiu, tačiau dėl karo ir okupacijų nebuvo užbaigta ir virto vaikų namais, vėliau ligonine ir poliklinika. Po 1991 m. kilusio gaisro pastatas buvo smarkiai apgadintas. Juodšilių ir aplinkinių gyvenviečių tikintieji nusprendė grąžinti pastatui pirmykštę paskirtį, surinko lėšų ir 2003 m. pradėjo statybos darbus. 2016 m. vasario 15 d. bažnyčią pašventino Vilniaus arkivyskupas Gintaras Grušas. Jai suteiktas Palaimintojo Mykolo Sopočkos titulas.