Ryšium su Karaliaučiaus universiteto 300 metų jubiliejumi Prūsijos karalius Frydrichas Vilhelmas IV 1844 08 31 padėjo kertinį akmenį naujam universiteto pastatui Priegliaus dešiniajame krante, Paradų aikštės (Paraden Platz) šiaurinėje dalyje. Statyba pagal architekto A. Stűllerio projektą prasidėjo tik 1857 metais. 1862 07 20 naujasis universitetas buvo oficialiai atidarytas.

1944.08.17 universiteto profesoriai, susirinkę prie šalia esančio filosofo universiteto profesoriaus Imanuelio Kanto paminklo, liūdnai (vyko karas) paminėjo senojo universiteto (Kneipuvos saloje) 400 metų sukaktį. 1944 m. rugpjūčio 29/30 naktį universitetą smarkiai bombardavo britų bombonešiai. Nors pastatas gerokai nukentėjo, paskaitos vyko iki 1945 m. sausio. Po to, per SSRS aviacijos antskrydžius, universitetas vėl buvo apgriautas. Pastatas nukentėjo ir nuo artilerijos, tačiau jo fasadinė dalis neblogai išliko. Jau po karo atstatant pastatą, buvo nugriautos išlikusios kolonados, panaikinti fasado dekoratyviniai elementai. 1948 m. universiteto pastate ėmė veikti Kaliningrado pedagoginis institutas, 1966 m. perorganizuotas į Kaliningrado valstybinį universitetą. 2005 m. šiam universitetui suteiktas Kanto vardas. Šiuose naujojo universiteto rūmuose 1865–1883 m. profesoriavo žymus lietuvių kalbininkas Frydrichas Kuršaitis, nuo 1880 m. profesoriavo (1918 –1921 m. rektorius) sanskritologas, Mažosios Lietuvos etnografas, antropologas ir baltistikos pradininkas Adalbertas Bezzenbergeris, 1935–1937 m. rektoriumi buvo įžymus prūsistas ir lietuvių dialektologas Jurgis Gerulis.