Kantaučių savininkas Kristupas Timotiejus Šiukšta dar apie 1672 metus pastatė bažnyčią, kuriai nuolatinę fundaciją užrašė tik gyvenimo pabaigoje 1692 m. 1703 m. bažnyčioje įsteigta Švč. M. Marijos Rožančinės brolija, bažnyčioje XVIII a. stovėjo įrengti šeši altoriai. Apie 1760 metus įrengtas visas naujas bažnyčios altorių kompleksas, kuris perkeltas į naują, tarp 1764-1778 m. statytą bažnyčią. Vėliau pastatas tik remontuotas, kiek pakeista stogo konstrukcija, iškelti bokšteliai, tačiau pagrindinės jo formos liudija XVIII a. II-osios pusės medinę architektūrą. 1784 m. Kantaučių bažnyčioje įsteigta ir Švč. Sakramento brolija, 1821 m. prie bažnyčios funduota Švč. Mergelės Marijos Rožančinės altarija. Prie Kantaučių bažnyčios veikė 1773 m. statyta Rivionių filijinė bažnyčia. Tačiau ji XIX a. viduryje minima griūvanti, netrukus buvo nugriauta ir nebeatstatyta.