1652 m. Kretingalės parapijoje pastatyta medinė koplyčia. Tuo metu parapijai priklausė 72 kaimai. 1699 m. prie koplyčios pristatytas bokštas, įrengti varpai. 1741 m. koplyčia buvo nugriauta ir pradėta statyti akmeninė bažnyčia. Išmūryta 23,5 m ilgio ir 11,5 m pločio bažnyčia. 1875 m. perstatytas vėjo apgadintas bokštas.

Per 1757–1763 m. karą Rusijos kariuomenė nusiaubė bažnyčią, išgrobstė inventorių (tame tarpe išsigabeno ir varpą).

Kunigams reikėjo mokėti lietuvių kalbą, nes parapijoje XIX a. pabaigoje gyveno beveik vien lietuviai (per 94 %). 1848 m. iš 4027 parapijiečių jų buvo 3800, 1878 m. iš 5500 – 5000, 1897 m. iš 5200 – 4800, 1897 m. iš 5200 – 4800 ir 1910 m. iš 3000 – dar 2685. Tarpukariu parapija sumažėjo: 1921 m. joje buvo 2639, 1926 m. – 2680, 1936 m. – 2160 žmonių.

XIX a. bažnyčioje tarp 2 korintinių kolonų buvo įrengtas altorius-sakykla, stovėjo pjaustiniais išpuoštas krikšto staliukas, paauksuota ir sidabrinė liturginės taurės, būta dviejų padėklų ostijoms. Vidaus erdvę puošė du žalvario sietynai, dailininko tapyti apaštalų paveikslai. 1895 m. buvo nupirkti vargonai, išpuošti rokoko ornamentika, figūrėlėmis.

1944 m. pabaigoje bažnyčioje buvo įrengta sovietų kareivių arklidė. Jiems išsikrausčius ir aptvarkius bažnyčią, sakytojas Martynas Lankutis pradėjo laikyti pamaldas. Netrukus bažnyčia iš tikinčiųjų atimta, čia įrengtas sovietinio ūkio sandėlis.

1988 m. atsikūrė apie 40 žmonių bendruomenė. Bažnyčią imtasi tvarkyti. Remonto metu statybininkams nukėlus kulkų pažeistą bokšto kryžių, jo sferiniame rutulyje rastas sušaudytas klaipėdiškio laikraščio „Memeler Dampfboot“ antraštinis lapas. Taip paliudyta, kad Kretingalės bažnyčios bokštas tikrai buvo išmūrytas 1875 m. Maldos namai po restauracijos iš naujo pašventinti 1996 m. Pamaldas laikė Klaipėdos parapijos kunigai Kurtas Moras, Reincholdas Moras.

Dabar bažnyčia taip pat naudojasi katalikų Kretingalės parapija, priklausanti Palangos dekanatui. Bažnyčia įtraukta į architektūros paveldo sąrašą.

2020 m. atliktas bažnyčios remontas. Buvo vykdomi fasadų tinko su akmenų intarpais, bokšto dalies, cokolio, plytų mūro restauravimo darbai, restauruoti durys ir langai. Naujai įrengtas įėjimas į zakristiją, apšiltinti ir apšviesti zakristijos fasadai, suremontuota žaibosauga, visu bažnyčios perimetru įrengta nuogrinda. Bažnyčia pritaikyta ne tik liturgijai, bet ir kitoms visuomenės reikmėms: bus rengiami bendruomenės susibūrimai, įvairios šventė, koncertai.