Vaitimėnai ilgą laiką priklausė Šilalės šv. Pranciškaus Asyžiečio bažnyčios parapijai. 1845 m. Šilalės parapijos duomenimis, Vaitimėnuose gyveno 134 parapijiečiai. Katalikų bendruomenė neturėjo savo bažnyčios, bet jau buvo neseniai pradėjusios veikti katalikiškos kapinės.

Vargonininkas Stanislovas Jakas, vargonavęs keliose Žemaitijos bažnyčiose, nuo 1920 m. nuolatos gyveno Vaitimėnuose. Vietos gyventojai melstis vykdavo į Šilalę. Vargonininkas sutarė su Šilalės bažnyčios klebonu, kad Vaitimėnuose bent didžiųjų religinių švenčių metu būtų laikomos šv. Mišios. Kadangi tada Vaitimėnuose bažnyčios nebuvo, pamaldos vykdavo pas vargoninką, Jakų namuose. Jis ir bažnytinį chorą buvo suorganizavęs. Šilalės klebono Jurgio Galdiko (1883-1963) paraginti, Vaitimėnų tikintieji 1935 m. pastatė medinę bažnyčią. Kertinio akmens įrašas „1934“ liudija, kad statybos pradėtos šiais metais. Bažnyčiai žemę paaukojo ūkininkas Juozas Šepikas, lėšas aukojo Jonas ir Antanas Gailevičiai, Pranas Čepas, Antanas Kuizinas ir ūkininkai iš aplinkinių kaimų. Bažnyčią statė vietiniai meistrai Pipirai, Dabulskis, Maulius ir kiti. Vaitimėnų Šv. Kryžiaus Išaukštinimo bažnyčia pašventinta 1935 m. rugsėjo 22 d.

Vaitimėnų bendruomenė neturėjo nuolatinio kunigo. Sekmadienines šv. Mišias ilgą laiką aukodavo iš Šilalės atvykę kunigai. Antrojo pasaulinio karo metais Vaitimėnų bažnyčios klebonu paskirtas pranciškonas A. Žvingys. Savo suburtam bažnyčios chorui vadovavo vargonininkas S. Jakas. Pokariu buvusioje klebonijoje atidaryta mokykla, prie kurios vėliau pristatytas priestatas.

1950 m. Vaitimėnų bažnyčia, kaip neturinti nuolatinio kunigo, gavo iš Religinių kultų reikalų tarybos leidimą kartą per mėnesį laikyti pamaldas, tačiau Šilalės rajono, kuriam tada Vaitimėnai priklausė, valdžia tai ignoravo ir pamaldas draudė. Galiausiai bažnyčia, neturėdama kunigo, nebuvo uždaryta. Vėliau leista turėti nuolatinį kunigą ir ten nuolat jam gyventi.

Nors Vaitimėnų parapija priklausė Tauragės dekanatui, Telšių vyskupo Antano Vaičiaus dekretu ji patikėta aptarnauti Šilalės dekanato Šilalės parapijos kunigams. Vaitimėnų parapijoje ganytojo darbą dirbo kunigai Virginijus Palionis, Mindaugas Alekna, Romualdas Velavičius, vikaras Sigitas Valauskis.

Už bažnyčios šventoriaus nuo 1937 m. veikia kaimo kapinės. Anksčiau veikė atokiau įsikūrusios senosios Vaitimėnų kapinaitės. Enciklopedininkas Bronius Kviklys užsimena, kad iš senų laikų kaime buvusi koplyčia, kur retkarčiais būdavo laikomos pamaldos.Paprastai nedideles koplyčias statydavo kapinėse, tad B. Kviklio minima koplyčia galėjo stovėti senosiose kaimo kapinėse. Jose šiuo metu išlikę senų antkapinių paminklų ir atstatyta sunykusi mūrinė koplytėlė, šventųjų skulptūrėlės. 1997 m. kapinės sutvarkytos, pašventinta atnaujinta koplytėlė.