Varlaukyje 1764 m. buvo pastatyta medinė koplyčia. Ji 1830 m. perstatyta. 1860 m. pastatyta nauja bažnyčia. 1862 m. jai paskirtas kunigas. Tačiau 1879 m. bažnyčia sudegė.

1881 m. leista statyti naują medinę bažnyčią (ji pastatyta 1883 m.). 1921 m. Varlaukyje įkurta parapija. 1923 m. čia įsikūrė pavasarininkų kuopa.

Parapija garsėja Dievo apvaizdos atlaidais.