Marijampolės Šv. arkangelo Mykolo bazilika – viena svarbiausių Vilkaviškio vyskupijos bažnyčių. Ji garsi ne tik tarp vietos tikinčiųjų, bet ir tarp kaimyninių kraštų piligrimų, atvykstančių pasimelsti prie joje palaidoto palaimintojo arkivyskupo Jurgio Matulaičio palaikų.

Dabartinės bazilikos pirmtakė – apie 1717 m. Prienų seniūno Morkaus Antano Butlerio pastatyta medinė koplyčia. 1758 m. Prienų seniūnė grafienė Pranciška Ščiukaitė - Butlerienė, rūpindamasi savo pavaldinių sielovada, atsikvietė Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo kunigų marijonų vienuoliją, pastatė vienuoliams medinę Šv. Kryžiaus bažnyčią ir šalia jos – medinį vienuolyną.

Apvaizdos valia Marijonų vienuolija šiame krašte įsišaknijo, išplėtojo įvairialypę sielovadą. Netgi pats miestelis, iš pradžių vadintas Pašešupiu, mat yra įsikūręs prie Šešupės, vėliau – Starapole, dabartinį savo vardą gavo nuo šios vienuolijos Globėjos – Švč. Mergelės Marijos.

1809 m. sudegus medinei grafienės Butlerienės statytai bažnyčiai, naujosios mūrinės bažnyčios statyba rūpinosi marijonai. 1824 m. bažnyčia pašventinta šios vienuolijos globėjo Šv. arkangelo Mykolo vardu. XIX–XX a. pradžioje bažnyčia ne kartą plėsta ir puošta, sujungta su šalia esančiu vienuolynu. Dabartinė bažnyčia turi neobaroko stiliaus bruožų, yra lotyniško kryžiaus plano, dviejų bokštų, su apside. Vidus trijų navų, skliautuotas, bažnyčioje – šeši altoriai. 1934 m. bažnyčios Švč. Jėzaus Širdies koplyčioje palaidotas arkivyskupas J. Matulaitis.

Po Antrojo pasaulinio karo sovietams sugriovus Vilkaviškio katedrą, Marijampolės Šv. arkangelo Mykolo bažnyčia 1944–1949 m. ir 1989–1998 m. buvo prokatedra. 1992 m., atsižvelgiant į šios bažnyčios istorinę svarbą, jai suteiktas mažosios bazilikos titulas.

1987 m. bažnyčioje, Švč. Jėzaus Širdies koplyčioje, įrengtas Palaimintojo arkivyskupo Jurgio Matulaičio altorius – vienas iš pastarųjų dešimtmečių bandymų sujungti istorizmo stilių ir šiuolaikinę sakralinę dailę, – o pati koplyčia pavadinta Palaimintojo vardu. Pasimelsti prie palaimintojo Jurgio Matulaičio relikvijų atvyksta daug piligrimų ne tik iš Lietuvos, bet ir kitų kraštų.

Bažnyčią lankantys maldininkai gerbia ir seną Švč. Mergelės Marijos su Vaikeliu (Vaizbūniškės) paveikslą, pirmojoje bažnyčioje kabėjusį didžiajame altoriuje.