Vienuoliai marijonai apsigyveno Panevėžyje 1927 m. prie Švč. Trejybės bažnyčios, o 1939 m. Generolas A. Cikota pastatė noviciato mūrus ir koplyčią vyskupo K. Paltaroko duotame sklype.

1939 m. rugpjūčio 15 d. (Žolinėje) vyskupas K. Paltarokas koplyčią pašventino suteikdamas jai Švč. M. Marijos Nekaltojo prasidėjimo vardą. Ji turėjo tris altorius. Didžiajame – gražus kryžius, po juo – Švč. M. Marijos paveikslas. Šoniniai altoriai – vienas šv. Juozapo, kitas šv. Aloyzo paveikslais papuošti. Paveikslai – originalūs stacijų kryžiaus formos.

Marijonų vienuolynas tarybiniais laikais buvo uždarytas, palikta koplyčia ir keletas kambarių kunigams. Iki 1947 metų rektoriumi buvo kunigas marijonas Pranciškus Račiūnas. 1947 m. nacionalizuota likusi vienuolyno dalis ir koplyčia.

Apie vienuolyno ir koplyčios likimą 1947-1970 metais dokumentų nėra rasta. Remiantis žmonių prisiminimais vienuolyno patalpose veikė rusakalbis vaikų darželis, buvo kažkokie tarybinių organų kabinetai. Koplyčioje buvo įsikūręs archyvas (archyvo saugyklos).

Archyvo saugyklos čia buvo iki 1980 metų, kai buvo pastatytas naujas archyvo pastatas. Nuo 1970 m. iki 1992 m. vienuolyne buvo dailės mokykla, nuo 1980 m. – ir koplyčioje.

Atgimimo laikais vienuolynas ir koplyčia sugrąžinti Bažnyčiai. Čia vėl įsikūrė vienuoliai marijonai. Koplyčiai atnaujinta ir 1992 m. rugsėjo mėn. iš naujo pašventinta. Dirbo 2 tėvai marijonai: Hiliaras Misūnas ir Kastytis Ramanauskas. Nuo 1997 m. – kun. Petras Kavaliauskas MIC, nuo 2004 m. – Kęstutis Brilius MIC. 2002 m. vienuolyno pastatas perduotas Panevėžio vyskupijai. 2003-2004 m. atliktas kapitalinis remontas. Naujai įrengtos patalpos, čerpėmis uždengtas stogas, virš stogo atnaujinta apžvalgos aikštelė. Vienuolyne atidarytas Panevėžio vyskupijos Sielovados centras (Katechetikos, Šeimos ir Jaunimo centrai su auditorijomis ir salėmis; taip pat skautų, ateitininkų, Maltos ordino ir Gausių šeimų bendrijos būstinės). Dalis patalpų prie koplyčios palikta vienuoliams marijonams.

Nuo 2010 m. liepos 1 d. vienuoliai marijonai, nepaprastai mažėjant jų gretoms (nebėra pašaukimų), nutarė pasitraukti iš Panevėžio. Visas patalpas ir koplyčią perdavė Panevėžio vyskupijai.

Nuo to laiko Panevėžio Švč. M. Marijos Nekaltojo Prasidėjimo rektoratą aptarnauja Panevėžio vyskupijos kunigai.