Bernardinų vienuoliai su misijomis į Lietuvos Didžiąją Kunigaikštystę atkeliavo XV a. viduryje. Ši Mažesniųjų brolių ordino atšaka siekė gyventi pagal Šv. Pranciškaus Asyžiečio (1182-1226) vienuoliško gyvenimo idealus ir kuo tiksliau laikytis jo paliktos regulos. Jie paprastai vadinami pranciškonais observantais.

Lietuvoje ir gretimose Vidurio Europos šalyse jiems prigijo bernardinų vardas, primenantis pagrindinį ordino reformatorių ir idėjinį observantų vadovą Šv. Bernardiną Sienietį (1380-1444). Savo pirmąjį konventą Vilniuje bernardinai įsteigė 1469 m., atsikėlę čia iš Krokuvos. 1453 m., vos trejiems metams prabėgus po Šv. Bernardino kanonizacijos, ten juos buvo įkurdinęs Šv. Jonas Kapestranas (1386-1456) - šventojo iš Sienos bendražygis. Vilniuje bernardinų konventą fundavo ordinui labai palankus Lietuvos didysis kunigaikštis ir Lenkijos karalius Kazimieras Jogailaitis.

Pirmoji Bernardinų bažnyčia Vilniuje buvo greičiausiai medinė, Šv. Bernardino Sieniečio titulo (sudegė 1475 m.)

Apie 1490 m. bernardinai pasistatė naują mūrinę bažnyčią. Deja, 1500 m. dėl konstrukcinių klaidų didelę jos dalį teko išardyti. Iš XV a. statybos geriausiai išliko nuostabiu krištoliniu skliautu perdengta senoji zakristija.prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /

Trečioji bažnyčia toje pačioje vietoje pastatyta 1506 - 1516 m. ir konsekruota Šv. Pranciškaus Asyžiečio titulu.

Kaip tik tuo metu Vilniuje buvo perstatomi ir tvarkomi valdovų rūmai Žemutinėje pilyje, statoma miesto gynybinė siena. Tad didžiojo kunigaikščio dvare buvo sukviesti žymiausi meistrai, kurie, matyt, dirbo ir Bernardinų bažnyčioje. Žinoma tik vieno iš jų pavardė - tai architektas Mykolas Enkingeris, Aleksandro Jogailaičio parsikviestas į Vilnių iš Gdansko. Be Lietuvos didžiojo kunigaikščio, bažnyčios statybą taip pat rėmė žymūs to meto didikai. Ypač Radvilos - garsiausia ir bene arčiausiai valdovų dvare buvusi giminė. Lėšomis prisidėjo ir LDK maršalka Stanislovas Sendivojaitis, netrukus pasirūpinęs įkurdinti bernardinus Kaune.

Kartu su Šv. Onos bažnyčia, pastatyta netoliese 1495-1500 m. ir dažnai vadinta koplyčia, bernardinų ansamblis XVI a. pradžios Vilniuje išsiskyrė didumu ir puošnumu. Savitą architektūrą pabrėžė ir konventui parinkta vieta - prie pat Žemutinės pilies miesto pakraštyje iškilę pastatai tarsi įsijungė į miesto gynybinių įrengimų grandinę.

Neatsitiktinai bažnyčios pastogėje buvo įrengta galerija su šaudymo angomis, o fasade iškilo į ją vedantys bokšteliai. Vis dėlto bažnyčia nesukelia niūrios tvirtovės įspūdžio. Virtuoziška plytų mūro technika jos architektūrinėms konstrukcijoms suteikė lengvumo ir žaismingumo. Išlikusios gotikinės freskos ir XX a. pasiekusios legendos apie nenusakomą šiai bažnyčiai dovanotą liturginių reikmenų prašmatnumą liudija ją buvus viena gražiausių to meto Vilniaus šventovių.

Deja, Vilniuje dažni gaisrai 1560 m. ir dar kartą 1564 m. bažnyčią smarkiai nuniokojo: sudegė visa vidaus įranga, grėsė įgriūti skliautai. Atstatymo darbai, finansuoti valdovo Stepono Batoro, kunigaikščio Mikalojaus Kristupo Radvilos ir turtingų miestiečių, prasidėjo tik apie 1577 m., kustodu esant Leonardui iš Sieradzio. Jo indėlį, remontuojant šią šventovę, ir šiandien liudija įrašas ant skliauto virš triumfo arkos. Atstatinėjama buvo ilgai, iki pat XVII a. vidurio. Tuo laiku įvairių fundatorių lėšomis buvo pastatytos ir šoninės Šv. Mykolo, Šv. Florijono (Trijų Karalių), Vainos (vėliau vadinta Šv. Petro iš Alkantaros) koplyčios, bažnyčioje įrengti nauji altoriai. Didysis altorius su skulptūriniu Nukryžiuotojo atvaizdu, pastatytas 1614 m., ordino provincijolo Kristoforo Scipio Campo rūpesčiu ir Vilniaus vaivados bei LDK etmono Jono Karolio Chodkevičiaus bei jo žmonos Sofijos Mieleckaitės lėšomis, stebino puošnumu ir turtingumu.

Jeronimo Chodkevičiaus funduotiems vargonams, pasak amžininkų, Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje neprilygo joks kitas muzikos instrumentas.

Visas vienuolyno kompleksas buvo dar kartą nusiaubtas Maskvos armijos per 1655 - 1661 m. karą. Vėl atstatyta bažnyčia 1676 m. buvo konsekruota dvigubu Šv. Pranciškaus Asyžiečio ir Bernardino Sieniečio titulu. Šį kartą prie remonto darbų daug prisidėjo sostinę nuo maskvėnų gynęs LDK etmonas ir Vilniaus vaivada Mykolas Kazimieras Pacas.

1677 m. buvo pašventintas įspūdingas septyniolikos altorių ansamblis, kuriame dominavo kenčiančiam Jėzui Kristui ir Švč. Mergelei Marijai dedikuoti altoriai, o dar keli buo pavesti ordine labiausiai gerbtų pranciškonų šventųjų - Pranciškaus, Bernardino, Didako bei Antano Paduviečio globai. Visi altoriai buvo mediniai, daugiausia dažyti juodai ir puošti auksuotais bei sidabruotais drožiniais ir tapyba.

Svarbiausiomis bažnyčios sakralinėmis vertybėmis tapo du mediniai Nukryžiuotieji. Abi skulptūros išliko nesunaikintos maskvėnų okupacijos metais - tai buvo palaikyta stebuklu ir Viešpaties malonės ženklu. Didžiojo altoriaus Nukryžiuotasis buvo senesnis, galbūt išlikęs dar iš gotikinio altoriaus. Bet tikintieji labiau pamėgo Kristaus figūrą iš Šv. Kryžiaus altoriaus, XVII a. pradžioje pastatyto netoli bažnyčios įėjimo ir tarsi pasitikdavusio ateinančius maldininkus. Po karo su Maskva imta pasakoti apie stebuklus ir keistą šviesą, sklindančią nuo šio kryžiaus. Netrukus prie Kristaus figūros ėmė gausėti votų - padėkos už patiriamas malones ženklų. 1667 m. grafas Vladislovas Tiškevičius paaukojo altoriui brangias Kryžiaus medžio ir Kristaus Kraujo relikvijas, ir ši vieta išgarsėjo Vilniuje.

Bernardinams būdingą pamaldumą kenčiančiam Kristui liudijo ir XVII a. bažnyčios šventoriuje pradėta formuoti Kalvarija. 1610 m. buvo pastatyta viena iš pirmųjų - "Kristaus kalėjimo" koplyčia, funduota Roberto Boreikos. 1699 m., gavus teisę rengti Sopuligosios Dievo Motinos atlaidus, koplyčioje buvo pakabintas ta proga nutapytas Marijos atvaizdas, išlikęs iki mūsų dienų. XVIII a. viduryje, Kalvarijai sunykus, Kryžiaus keliai įrengti pačioje bažnyčioje.

XVIII a. II pusėje Bernardinų bažnyčios altoriai buvo dar kartą perstatyti. Pagal konvento kustodo Vincento Saplicos kontraktą su amatininkais 1763-1781 m. bažnyčioje buvo įrengtas naujas vėlyvojo baroko stiliaus vidaus ansamblis: sakykla, klausyklos, stalės, suolai ir vienuolika altorių. Buvo išskirtas Didysis altorius, į kurį tuomet perkelta Nukryžiuotojo figūra iš Šv. Kryžiaus altoriaus. Kaip tik tada bažnyčios fasade nutapyta freska, vaizduojanti Nukryžiuotąjį ir iš tolo pranešanti maldininkams apie svarbiausiąją šios šventovės relikviją. Naują interjerą įrengė keletas meistrų (paminėti staliai Giotas, Holtzas, Walteris ir kt., skulptorius Fryzeris, tapytojas Motiejus).
1764-1768 m. garsus vargonų meistras Mikalojus Jansonas rekonstrvo žymiuosius bažnyčios vargonus ir perkėlė juos iš šoninės navos į presbiterijos (choro) gale sumūrytą pakylą.

Nuo tada bažnyčia išliko nedaug pakitusi iki XIX a. pabaigos, nors buvo šiek tiek apgadinta, rusų armijai malšinant 1794 m. T. Kosciuškos sukilimą ir per 1812 m. karą.

1814 m. vyskupas Jeronimas Stroinovskis prie Bernardinų bažnyčios įkūrė parapiją, kuri apėmė visų pirma Užupio priemiestį. 1842 m. konventas caro įsakymu buvo priskirtas 3-ios klasės vienuolynų kategorijai ir gaudavo iš iždo nustatytą kiekį lėšų, tačiau neteko fundacinio turto.

Po 1863 m. sukilimo per Lietuvą nusiritusi carinių represijų banga neaplenkė ir bernardinų. Caro valdininkų nuomone, šie vienuoliai dalyvavo pasipriešinimo judėjime aktyviau už kitus. 1864 m. rugpjūtį Vilniaus vienuolynas buvo uždarytas. Bažnyčią perėmus pasauliečiams kunigams, šiek tiek pertvarkytas jos vidus: vargonai iš vienuolių choro pernešti į buvusį balkoną, kur stovi ir dabar.
Deja, Antrojo pasaulinio karo metais jie buvo sugadinti ir iki dabar nebenaudojami.
Į bažnyčios altorius XIX a. II pusėje buvo perkelta keletas paveikslų ir relikvijų iš uždarytos Vilniaus (Antakalnio) trinitorių bažnyčios.
1869-1870 m. pro pat Šv. Onos bažnyčios fasadą nutiesta gatvė perkirto bernardinų sodą ir šventorių, suardydama išorinį vienuolynų ir bažnyčių ansamblį. Pirminį šventoriaus vaizdą dar labiau pakeitė 1872 m. pastatyta varpinė.

1949 m. Bernardinų bažnyčia buvo uždaryta. Keletą metų ji stovėjo niekieno neprižiūrima, vėliau buvo atiduota Vilniaus dailės akademijai ir paversta sandėliu.

Tik 1994 m. į bažnyčią vėl sugrįžo Lietuvoje kiek anksčiau savo veiklą atnaujinę Šv. Pranciškaus Mažesnieji broliai.

Vilniaus bernardinai

Nuo pat įkūrimo iki vienuolyno likvidavimo Vilniaus Bernardinų bažnyčia buvo svarbiausia šio ordino šventovė Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje. Nuo 1487 m. čia buvo Lietuvos bernardinų komisariato, nuo 1518 m. - kustodijos, o 1530-1576 m. bei nuo 1731 m. - savarankiškos provincijos centras. Į Lietuvą buvo siunčiami neeiliniai, išsilavinę, uolūs ir Dievo tarnystei atsidavę misionieriai.

Pirmuoju Vilniaus konvento viršininku buvo paskirtas Andrius Rey, kurį Silezijoje į ordiną priėmė Šv. Jonas Kapestranas.

Keli bernardinai, glaudžiai susiję su Vilniaus konvento istorija ir palaidoti šioje bažnyčioje, yra paskelbti palaimintaisiais: Angelas iš Ostrovo (buvęs provincijos vikaras, pirmasis Lietuvos bernardinų komisarijus atvykęs į Vilnių 1479 m. ir čia miręs tų metų vasario 8 d.) ir Marijonas iš Jeziorko (buvęs pirmasis Lenkijos bernardinų provincijos vikaras, atvykęs į Vilnių 1487 m., miręs 1491 rugpjūčio 5 d.). Šis vienuolis ypač daug prisidėjo, kuriant Vilniaus konventą. Dažnai nukeliaudamas į Romą, jis išrūpino iš popiežių Siksto IV ir Inocento VIII privilegijas bernardinų "rytų misijoms" - stačiatikių rusėnų, musulmonų totorių ir dar pusiau pagonių lietuvių christianizacijai.

Vilniaus vyskupas Jurgis Radvila 1586 m. suteikė jiems išskirtinę teisę laisvai skelbti Dievo žodį visose diecezijos bžnyčiose, taip pat priiminėti į Katalikų Bažnyčią buvusius protestantus bei stačiatikius. Šią privilegiją vėliau patvirtino ir kiti Vilniaus vyskupai.

Vienuolyne nuo pat pradžių veikė noviciatas, dar XV a. įkurtas skriptoriumas ir pradėta kaupti biblioteka. 1605 m. čia pradėjo veikti ir pranciškonų observantų ordino seminarija. Svarbiausios bernardinų evangelizacijos priemonės buvo tikėjimo tiesų mokymas, sakramentų teikimas bei pamokslai, skelbiami taip pat ir lietuvių kalba. Seniausias išlikęs rankraštinis lietuviškas tekstas (poteriai) atsirado Vilniaus bernardinų aplinkoje. Manoma, kad XVI a. pradžioje didesnio už Vilniaus bernardinų knygų rinkinio neturėjo joks kitas katalikų vienuolynas Lietuvoje.

Daugybę žmonių į bažnyčią sutraukdavo ir vienuolių drauge giedamos ar skaitomos Liturginės valandos bei gausios pamaldos. Konventas buvo didelis, tad bažnyioje niekad netrūkdavo dvasininkų. Pavyzdžiui, XVII a. viduryje jame gyveno apie šimtą vienuolių, XVIII a. pabaigoje - penkiasdešimt penki (tarp jų - trisdešimt šeši kunigai), XIX a. viduryje - apie keturiasdešimt. Nuolat buvo bent trys pamokslininkai, keletas nuodėmklausių. 1798 m. išpažinčių buvo klausoma lietuvių, latvių, lenkų, italų, vokiečių ir prancūzų kalbomis. Pasauliečiai broliai dirbo įvairius darbus bažnyčioje ir vienuolyne (buvo sodininkai, staliai, kalviai, vargonininkai, siuvėjai, tapytojai ir pan.). Istoriniai šaltiniai liudija, kad Vilniuje (kaip ir kituose Lietuvos konventuose) bernardinai bene ilgiausiai puoselėjo senąsias observantų ordino tradicijas, kurių dar laikėsi netgi ir XIX a.: bendrai kalbamos ir giedamos įvairios maldos ir Liturginės valandos (Aušrinė (vidurnaktį), prima (6 val. ryto), po konventualinių mišių skambanti tertia ir vidurdienį skelbianti sexta), švenčių dienomis giedami mišparai ir kompletai) nuolat pripildydavo bažnyčią maldos dvasios.

Tikriausiai bernardinai buvo ir pirmieji liturginių dramų statytojai Vilniuje. XVII-XVIII a. evangelinius įvykius pamaldų metu iliustruodavo efektingi vaidybiniai intarpai, kuriems buvo pasitelkiamos mechaninės judančios skulptūros, pirotechnika ir, žinoma, įspūdinga muzika.

Tikinčiuosius sutraukdavo puošnios bernardinų Mišios, aukojamos keleto kunigų, taip pat spalvingos ir neretai su teatralizuotais vaidinimais procesijos, kuriose dalyvaudavo bažnytinės bei amatininkų brolijos.

XVI-XVIII a. keletą altorių Bernardinų bažnyčioje globojo miestiečiai - amatininkų brolijų nariai. Pavyzdžiui, Šv. Pranciškaus altorių prižiūrėjo kepurininkų cechas, kitus altorius globojo knygrišiai, mūrininkai, dailidės ir staliai. XIX a. Trijų karalių koplyčia naudojosi ir ją remontavo Vilniaus šaltkalvių cehas. Iš bažnytinių brolijų svarbiausios buvo 1647 m. įsteigta Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo brolija, uoliai platinusi Dievo Motinos kultą šioje bažnyčioje, ir prie Šv. Onos bažnyčios veikusi to paties titulo brolija. Daug tikinčiųjų prie bažnyčios subūrė Šv. Pranciškaus Trečiasis (pasauliečių) ordinas.

Bernardinai taip pat globojo du netoliese įsikūrusius bernardinių vienuolynus. Pirmąjį iš jų Užupyje dar 1495 m. įkūrė aukštos kilmės tretininkės mergaitės. Tai buvo apskritai pirmasis moterų vienuolynas Lietuvoje. Vienuolės savo bažnyčios neturėjo, todėl melstis ėjo į Bernardinų bažnyčią. Iš pradžių šv. Mišių metu vienuolės sėdėdavo stalėse, netoli didžiųjų bažnyčios durų. 1692 m. jom buvo leista bažnyčios gale, virš įėjimo, pasistatyti medinį balkoną, į kurį buvo patenkama per galeriją, jungiančią vienuolyną su bažnyčios fasado pietiniu bokšteliu. Į pačią bažnyčią vienuolės nusileisdavo tik išimtiniais atvejais - įvilktuvių ir įžadų. 1765 m. pastatyta mūrinė vienuolyną ir bažnyčią sujungusi galerija, iš kurios buvo patenkama tiesiai į senoje Šv. Petro Alkantaros koplyčioje įrengtą oratoriumą, kur bernardinės atlikdavo išpažintį ir priimdavo komuniją. Tuo pat metu vietoj medinio vienuolėms pastatytas naujas mūrinis balkonas, nuo kurio jos galėjo geriausiai matyti bažnyčioje savo lėšomis pastatytą ir išpuoštą Šv. Koletos altorių.

Antrasis bernardinų globojamas moterų vienuolynas buvo įkurtas XVII a. pradžioje prie Šv. Mykolo bažnyčios.

Nuo XIX a., įkūrus parapiją, Vilniaus bernardinai įvairiu metu aptarnavo ir keletą kitų bažnyčių Vilniaus mieste bei apylinkėse, buvo ir benediktinių Šv. Kotrynos bažnyčios kapelionais. Jų pamokslinikai buvo kviečiami į Katedrą, keliavo po kraštą su misijomis. Valdžiai griežtai uždraudus stačiatikiams pereiti į Katalikų bažnyčią, bernardinai toliau dirbo tarp protestantų ir judėjų.
1798-1820 m. prie Bernardinų bažnyčios veikė dvimetė pradinė mokykla; vienuoliai išlaikė ir piešimo mokyklėlę.

Paskutiniais vienuolyno veiklos XIX a. metais, kaip ir ordino veiklos Lietuvoje pradžioje, Bernardinų bažnyčios aplinkoje susiformavo keletas neeilinių, nuostabių asmenybių. Du šio konvento tėvai dalyvavo 1831 m. sukilime kaip karo kapelionai, dar daugiau jų dalyvavo, organizuojant 1863 m. sukilimą. Caro kalėjimų ir tremties keliais teko žengti Adrianui Novickiui, organizavusiam miesto jaunimą, ir Romualdui Lukaševičiui, palaikiusiam ryšius su Lietuvos sukilėlių Konstantinu Kalinausku. Prieš 1864 m. Vilniuje noviciatą baigė ir teologiją studijavo Adrianas Osmolovskis. Vėliau jis gyveno Minsko, Galicijos ir Italijos konventuose. 1925 m. jis mirė, pagarsėjęs gyvenimo šventumu. 1967 m. pradėtas jo beatifikacijos procesas.

Uždarius vienuolyną, daugelis bernardinų buvo priversti išvykti iš miesto. Tačiau keletas jų čia gyveno visą XIX a. Paskutinį kartą vienuolis Bernardinų kapinėse Užupyje palaidotas 1900 m.

XX a., prieš pat Antrąjį pasaulinį karą, miesto gatvėse vėl sušmėžavo dar nepamiršti rudieji abitai. 1938 m., Vilniaus bernardinėms paprašius, vyskupas Romualdas Jalbžykovskis leido bernardinams įkurti rektoratą prie Šv. Mykolo bažnyčios. Senoji Bernardinų bažnyčia tuo metu dar liko pasauliečiams kunigams, tačiau bernardinų tradicijos joje nenutrūko, jos buvo tęsiamos. Ilgametis bažnyčios zakristijonas Antanas Šutinas, dirbęs čia 1883-1922 m., aistringas senienų mėgėjas, antikvaras ir kolekcionierius, bažnyčioje įrengė muziejėlį]. Jame kaupė ir saugojo ne tik savo kolekciją, bet ir senąsias bernardinų lobyno vertybes: didžiąją gotikinę monstranciją, kurios istorija siejama su Kazimiero Jogailaičio vardu, brangų liturginių rūbų komplektą (tradiciškai laikomą Šv. Kazimiero motinos kunigaikštienės Elžbietos dovana Bernardinų bažnyčiai), relikvijorius, prabangiai įrištas knygas ir kt.

Iki pat uždarymo pokario metais šią bažnyčią garsino ir paskutinis jos vargonininkas prof. Janas Žebrovskis, žymus muzikos mokytojas, subūręs porą puikių Bernardinų bažnyčios chorų (vaikų ir suaugusiųjų) bei išugdęs ne vieną vargonininką. Nors garsieji bažnyčios vargonai vis dar laukia rimtos restauracijos, šiuo metu prie Bernardinų bažnyčios veikianti vaikų giedojimo mokyklėlė ir chorai, regis, įdomiai tęsia seną pranciškonų tradiciją.

Nekropolis

Nuo pirmųjų veiklos metų daugelis žymių žmonių Bernardinų bažnyčią rinkosi ir paskutinio poilsio vieta: čia ilsisi vieno iš pagrindinių bažnyčios statybos rėmėjų - Mikalojaus Radvilos Senojo (m. 1509), Prūsų kunigaikščio Frydricho (m. 1555), mūšyje prie Chotimo žuvusių karvedžių Jono ir Jurgio Rudaminų ir daugelio kitų LDK didžiūnų palaikai. Amatininkai, pirkliai, miesto tarybos nariai taip pat šioje bažnyčioje fundavo altorius, prie kurių ir būdavo palaidojami. 1592 m. Bernardinų bažnyčioje palaidotas paslaptingu būdu (neva žydų) nužudytas septynmetis Simonas, netrukus paskelbtas palaimintuoju kankiniu (memorialinė plokštė įmūryta 1623 m.). Deja, daugelio čia palaidotų žmonių vardus dabar galima atrasti tik archyvinių dokumentų puslapiuose, per karus ir gaisrus išliko vos keli antkapiniai paminklai.

Prie šiaurinės sienos (žiūrint nuo įėjimo - bažnyčios kairėje) stovi paminklas LDK maršalkai kunigaikščiui Stanislovui Radvilai Pamaldžiajam (1559-1599) - kardinolo Jurgio ir garsiojo piligrimo Mikalojaus Kristupo, vadinamo Našlaitėliu, broliui. Antkapis sukurtas pirmaisiais XVII a. dešimtmečiais, manoma, garsaus skulptoriaus Vilhelmo van der Blokės dirbtuvėje. Priešais jį, kitoje bažnyčios pusėje, iki mūsų dienų išliko medžioklėje Žygimantui Augustui gyvybę išgelbėjusio karvedžio Petro Veselkovskio (m. 1556) antkapinis paminklas, pastatytas 1634 m.. Abu šie paminklai - puikūs ankstyvojo baroko memorialinės skulptūros pavyzdžiai. Verta atkreipti dėmesį ir į Vladislovo Tiškevičiaus (m. 1684) antkapinę plokštę, pastatytą 1712 m., bei retą miestiečio šeimos paminklą - Vilniaus pirklio Povilo Znoskos (m. 1625) epitafiją.

Nuo XIX a. pradžios, Užupyje įkūrus Bernardinų kapines, bažnyčioje ir jos šventoriuje nebebuvo laidojama. Bernardinų kapinių koplyčioje buvo palaidotas ir paskutinis konvento gvardijonas Julijonas Syrunavičius (m. 1885).

Meno paminklai

Nepaisant visų rekonstrukcijų ir perstatymų, Bernardinų bažnyčia - vienas gražiausių gotikinių sakralinių pastatų Lietuvoje. Nors bažnyčios frontono ir fasado bokštelių viršutiniai tarpsniai paveikti baroko, bendras pastato tūris, būdingu masverko ornamentu puoštas raudonų plytų mūras, smailiaarkių langų skaidomos ir kontraforsų remiamos sienos išlaikė pirminį gotikinį pavidalą. Puošniausia bažnyčios išorės dalis - prie presbiterijos prisiglaudusi senoji varpinė. Tai vienas brandžiausių Lietuvos gotikos kūrinių, mirgantis persišviečiančių arkų ir šešėliuotų nišų raštu. Šalia bažnyčios tyla ir praėjusiais amžiais dvelkia vienintelis Vilniuje išlikęs gotikinis vienuolyno kiemelis.
Viduje Bernardinų bažnyčia taip pat išlaikė gotikinę erdvę, nors XVII-XVIII a. buvo ne kartą remontuota. Tai būdinga bernardinų ordino šventovė: erdvi ir šviesi trinavė halė skirta pasauliečiams, o ilga presbiterija (choras)- vienuoliams, susirinkdavusiems čia giedoti liturginių valandų ir dalyvauti pamaldose. Šių dviejų bažnyčios dalių susikirtimą viršuje žymi smaila triumfo arka, o apačioje iki XVIII a. jas skyrė ažūrinės metalo grotelės, vėliau - didysis altorius.

Šoninėse bažnyčios navose išliko gražūs tinkliniai, žvaigždiniai bei krištoliniai skliautai - gotikai būdingas dangaus skliauto įvaizdis.
Šiaurinėje sienoje iki dabar matosi vėliau užmūrytų smailiaarkių nišų fragmentai - tai retas Lietuvoje daugiau niekur neišlikęs gotikinės vienuolyno bažnyčios elementas - senosios klausyklos, į kurias nuodėmklausiai patekdavo tiesiai iš vienuolyno koridoriaus.

Iš XVI a. pradžios interjero dekoro itin vertinga sienų tapyba (atrasta ir pradėta restauruoti tik XX a. paskutiniais dešimtmečiais), sukurta al secco (sausos freskos) technika. Tai vienintelis mūsų krašte išlikęs didelės apimties ir išplėtotos idėjinės programos vėlyvųjų viduramžių sieninės tapybos pavyzdys. Freskos dengė beveik visą šiaurinę bažnyčios sieną, dalį pietinės ir vakarinės sienų, vienuolių choro sienas, puošė skliautus. Šiuo metu atidengta ir sutvirtinta tapyba šiaurinėje sienoje. Kai kuriose vietose restauravimo darbus apsunkina virš gotikinės tapybos esantys vėlesnės manieristinės ir barokinės (kai kur kelių sluoksnių) tapybos fragmentai. Piešinio laisvumas ir meistriškumas liudija aukštą freskas kūrusių dailininkų profesinį lygį. Sudėtinga ikonografija, jungianti scenas iš Šventojo Rašto bei pranciškonų legendų ir simbolinius vaizdus, išreiškia viduramžių teologines doktrinas bei iliustruoja pranciškoniškąją žmonijos Atpirkimo istorijos sampratą.

Arčiausiai durų didelį sienos tarpsnį užima milžiniška Šv. Kristoforo figūra - dažnas viduramžių bažnyčiose šventasis, kurio legenda čia pasakojama įterpiant pranciškoniškų istorijų. Žemiau - nuostabus Šv. Jurgio atvaizdas, deja, šiek tiek sugadintas, statant barokinį balkonėlį.

Centrinę šiaurinės sienos dalį užima išplėtota Jėzaus nukryžiavimo ir kryžiaus pagarbinimo kompozicija. Šis sienos tarpsnis suskirstytas į du registrus. Aukščiausiai vaizduojama Kristaus prikalimo prie kryžiaus scena. Susimąstymo ir rimties kupina ant kryžiaus sėdinčio Išganytojo poza šioje scenoje atspindi ne tiek fizinius kentėjimus, kiek dvasinį skausmą. Kaip būdinga vėlyvosios gotikos tapybai, kompozicija jungiama iš atskirų elementų, kuriuos suvokti padeda konvencionalios pozos ir gestai. Vaizduojami įvykiai buvo "suaktualinti", personažus aprengus XVI a. pirmosios pusės drabužiais. Žemiau, apatiniame registre, vaizduojama puošnia ornamento juosta įrėminta kryžiaus pagarbinimo (adoracijos) scena. Centre šv. Pranciškus - viena ranka apsikabinęs T (tau) formos kryžių, kita ranka rodantis žaizdą savo šone. Tai dažna scena pranciškonų ikonografijoje, iliustruojanti ypatingą Asyžiaus šventojo ryžtą sekti Kristumi. Ši scena taip pat primena paties Išganytojo jam suteiktą dieviškosios malonės ženklą, t.y. kryžiaus kančios žaizdas - stigmas. Dešinėje nuo Šv. Pranciškaus iškilmingoje eisenoje pavaizduoti didieji pranciškonų šventieji Bonaventūra, Liudvikas, Antanas Paduvietis ir Bernardinas. Visą kompoziciją iš abiejų pusių rėmina ornamentinės pynės, simbolizuojančios Gyvybės medį (žaliuojantis, nokinantis vaisius) ir Pažinimo medį (nudžiūvęs, viršuje jį apsivijęs žaltys). Su Kristaus auka juos susieja abiejų viršūnėse pavaizduoti simboliniai paukščiai: virš Gyvybės medžio - feniksas, išreiškiantis prisikėlimo idėją; Kristaus - amžinosios gyvybės šaltinio ženklas; virš Pažinimo medžio - pelikanas, išreiškiantis atpirkimo, atgaivinimo savo krauju idėją; Kristaus - naujojo Adomo ženklas. Pynių apačioje, taip pat prie šventųjų pranciškonų kojų nutapyti keli bažnyčios statybos ar puošybos rėmėjų herbai.

Arčiausiai didžiojo altoriaus nutapytos kelios scenos vaizduoja svarbiausius {b]Šv. Pranciškaus gyvenimo įvykius. Čia reikėtų atkreipti dėmesį į viršutinį fragmentą, kuris vaizduoja šventąjį, remiantį Laterano baziliką. Tapydamas Romos šventovę, dailininkas, regis, įamžino tuometinį Vilniaus Bernardinų bažnyčios vaizdą.

Prie bažnyčios prisiglaudusio vienuolyno koridoriuose taip pat yra išlikusios įvairių laikotarpių sieninės tapybos. Įdomi XVI a. nukryžiavimo scena išlikusi koridoriuje šalia senosios zakristijos durų. Tai tik dalis kompozicijų ciklo, dengusio visas pirmojo aukšto vienuolyno galerijos sienas. Centrinė Nukryžiuotojo su Švč. Mergele Marija ir Šv. Jonu Evangelistu grupė nutapyta virš sienoje įmūryto didelio akmens, primenančio Golgotos viršukalnę. Kristus vaizduojamas miręs, iš jo žaizdų plūstantį kraują į taures renka trys verkiantys angelai - tai krikščioniškajame mene plačiai paplitęs tiesioginio Atpirkėjo mirties ryšio su Eucharistija įvaizdis.

Aplinkui centrinę Nukryžiavimo grupę komponuojamos Senojo Testamento scenos, teologijoje aiškinamos kaip pranašiški Kristaus mirties ir Prisikėlimo pirmavaizdžiai: Abraomo auka, varinis žaltys, Dovydo kova su Galijotu, Danielius liūtų duobėje. Simbolinį vaizdo pobūdį išryškina iš viduramžių knygų apie gyvūnus (bestiarijų) atėję įvaizdžiai: virš kryžiaus, skliauto trikampyje, nutapyti du liūtai, riaumojimu žadinantys jauniklį (prisikėlimas ir Švč. Trejybė), ir ant kryžiaus skersinio pavaizduoti jau bažnyčios šiaurinėje sienoje matyti legendiniai paukščiai - pelikanas bei feniksas. Į vaizdų, aliuzijų ornamentą įpinamos ir nedidelės fundatoriaus bei vienuolio figūrėles prie Nukryžiuotojo kojų.

XVII-XVIII a. meno kalba bažnyčioje irgi paliko savo pėdsakų - aukštyn kylančią gotikinę bažnyčios architektūrą subtiliai perpina švelnios barokinės linijos, banguojančios balkonų ir galerijų kontūrais. Trijų Karalių koplyčios altorius, lyg rafinuotais nėriniais apipintas drožinių ornamentais, tebesaugo iš daugelio čia buvusių relikvijų atsitiktinai išlikusią vieną širdelę - relikvijorių.

XVIII a. viduryje suformuotas bažnyčios interjeras be didesnių pakitimų išliko iki bažnyčios uždarymo tarybų valdžios metais. Vėliau visi altorių paveikslai ir skulptūros buvo išimti ir išblaškyti po kitas bažnyčias bei muziejus. Sugrąžinus bažnyčią tikintiesiems, kartu su vienuoliais į ją parkeliavo tik senoji Nukryžiuotojo skulptūra, išsaugota Vilniaus Katedroje. Šiuo metu ji puošia Trijų Karalių (Šv. Florijono) koplyčios altorių. Kitas stebuklingu laikytas Nukryžiuotasis pateko į Šv. Baltramiejaus bažnyčią. Bernardinai atgavo tik paauksuotą jo kryžių ir erškėčių vainiką, kuris vėl pakabintas didžiajame altoriuje. Jis iš tiesų šviečia keista šviesa vieninteliame restauruotame didžiajame altoriuje, kurio viršuje suskridę angelai su Kristaus kančios įrankiais rankose, atrodytų, dar džiugiau nei anksčiau ėmė skelbti Prisikėlimą.

Bažnyčios šventoriuje būtinai aplankykite "Kristaus laiptų" (Scala Sancta) koplyčią, išlikusią iš XVII-XVIII a. čia buvusios Kalvarijos. Gaila, kad jos fasadą užgožia XIX a. pabaigoje pastatyta neogotikinė varpinė. Koplyčioje įrengta Šventųjų laiptų, pasak legendos, Šv. Elenos atvežtų iš Jeruzalės į Romą ir tapatinamų su Poncijaus Piloto rūmų laiptais, kopija. 1617 m. bajorų Mitkevičių lėšomis pastatyta koplyčia buvo perstatyta 1752 m.
Laiptų pakopose (kaip ir originale jų yra 28) įmontuotos įvairios relikvijos ir žemė, atvežta iš Jeruzalės, suteikusi bernardinų statiniui regimo Viešpaties kančios liudytojo prasmę.
Nuo 1774 m. Bernardinų bažnyčioje buvo švenčiami "Kristaus laiptų" atlaidai. (XX a., tarybų valdžios metais, uždaryti ir smarkiai apnaikinti "Kristaus laiptai" nuo 2000 m. vėl lankomi tikinčiųjų).

1994 m. į Bernardinų bažnyčią vėl sugrįžo Šv. Pranciškaus Mažesnieji broliai.
Restauravimas ir atnaujinimas po truputį gaivina bažnyčios dvasią ir meno paminklus, ilgai laukusius jautrios širdies ir rūpestingų rankų. Kartu atgimsta ir parapijos gyvenimas. Bernardinų bažnyčia sugrįžo miestui ir pasauliui, kviesdama tęsti naują istorijos puslapį.

Rūta Janonienė