Pastatyta 1928m.
Iš Rusijos 1922m. į Paisetę 2-ą (3,5 km. į pietus nuo Saldutiškio) grįžo kunigas A. Maciulevičius (1882 - 1968) ir pradėjo ūkininkauti. Dvaro rūmų salėje įrengė koplyčią ir pradėjo laikyti pamaldas. 1923m. įkurta parapija į Saldutiškį paskirtas iš Rusijos grįžęs klebonas Stanislovas Švėgžda. Bažnyčia buvo įrengta buvusiame dvaro ūkiniame pastate 1925 - 1928 m. ant jo akmenų mūro sienų surenčiama medinė bažnyčios dalis.

Parapijos steigimu ir bažnyčios statyba rūpinasi ūkininkai Pelėda, V. Nasevičius, V. Stundžia, mokytojas J. Janonis. Žemės reformos Komisija mūrinius Saldutiškio dvaro rūmus perdavė parapijai, juose įsikūrė klebonija.
1938m. vyskupas Juozapas Kukta ir kleboniją perleidžia vienuoliams salieziečiams, kurie ėmėsi vadovauti Saldutiškio parapijai. Parapijos administratorius buvo kunigas Juozapas Gustas (1906 - 1958), po antrojo pasaulinio karo bolševikų suimtas, mirė Krasnojarsko srityje.

Pirmieji Saldutiškyje maldos namus mėgino įkurti dvarininkai Jaloveckiai. Bažnyčios statyba buvo pradėta prie Lamėsto ežero, buvo vežami akmenys pamatams tačiau darbas buvo nutrauktas ir tik trečiojo dešimtmečio pradžioje vėl atgaivinamas noras turėti savo parapiją ir maldos namus.

Klebono kun. Jurgio Kazlausko pastangomis Saldutiškio bažnyčios šventorius išpuoštas akmenimis. Jie išdėlioti kaip rožinis. Ant pačių lauko riedulių surašyti parapijos kaimų pavadinimai.

Saldutiškio Šv. Pranciškaus Asyžiečio bažnyčioje grojama istoriniais medinių vamzdžių vargonais, pagamintais XIX a. pradžioje ir 1928 metais atvežtais iš Kuk- tiškių koplytėlės. Tai 1 manualo, 6 registrų instrumentas. Visi išlikę vargonų vamzdžiai mediniai, oro paskirstymo dėžė sklendinė, traktūra mechaninė.
Vargonininko Kazio Godos (1898-1990) vadovaujamas Saldutiškio parapijos choras giedojo 1928 m. lapkričio 18 d., atidarant tik ką pastatytą Saldutiškio Šv. Pranciškaus Asyžiečio parapijos bažnyčią. Kazys Goda Saldutiškyje vargonavo iki 1934 m.

Prieš II Pasaulinį karą ir karo metu Saldutiškyje vargonininku dirbo Kazimieras Stasiūnas.

Albertas Gavelis Saldutiškyje vargonavo nuo 1945 iki 1954 m.

Jonas Labutis (1898-1991) Saldutiškyje vargonavo nuo 1954 iki 1970 m.
Vėlesniais metais į Saldutiškį groti vargonais atvažiuodavo vargonininkai Vincas Apynys, Kazys Dugnas, Leonas Deveikis, Petras Šalkauskas.
1985 m. groti vargonais ir vadovauti Saldutiškio Šv. Pranciškaus Asyžiečio bažnyčios chorui pradėjo Jonas Rūkas iš Utenos.

Nuo 1993 m., buvusio vargonininko J.Rūko pamokytas, jau baigęs Utenos vaikų muzikos mokyklos fortepijono klasę pas mokytoją Adą Čypienę, groti vargonais pradeda to meto Saldutiškio vidurinės mokyklos 10-os klasės mokinys Aurelijus Zajančkauskas. Nuo 1995 m. Saldutiškyje vargonais groja jo mama Danutė Strogalytė-Zajančkauskienė.