Ši parapija turi dvi bažnyčias. Viena jų - pastatyta vėlyvosios gotikos stiliumi 1578m. ir stovi Zapyškyje ant Nemuno kairiojo kranto, prie kelio Kaunas - Šakiai. 1744m. atnaujinta ir dekoruota bet kai kurios detalės buvo pakeistos. 1901m. senoji bažnyčia, esančioje ant Nemuno kranto, uždaryta. Įkalnėje pastatyta medinė bažnyčia, bet joje susirenkantieji žmonės netilpdavo (iki šių dienų neišlikusi). Norint patenkinti šių apylinkių visų tikinčiųjų poreikius, ant kalno pastatyta didelė raudonų plytų mūrinė bažnyčia, kuri 1915m. karo metu sugriauta. Kunigo iniciatyva ir žmonių bendromis jėgomis pastatyta nauja medinė bažnyčia ir 1930m. birželio 19d. pašventinta (pastatas išlikęs, bet kol kas negražintas parapijos tikinčiųjų bendruomenei). Vėliau 1915m. karo metu sugriautosios bažnyčios dalis atstatyta ir 1957m. birželio 23d. šv. Jono Krikštytojo atlaidų šventėje aukotos šv. mišios. Šioje bažnyčioje vyksta pamaldos iki dabar.