1478 m. vyskupo Baltramiejaus II rūpesčiu buvo pastatyta pirmoji bažnyčia, kuriai paskirtas Norkūnų kaimas su 7 valakais 10 margų žemės. Klebono J. Talaičio rūpesčiu 1529 m. bažnyčia suremontuota.
XVI a. viduryje ir antroje pusėje Krakėse beveik nebebuvo katalikų, nes daugelis vietinių bajorų, perėjusių į reformatų pusę, į protestantizmą patraukė ir kitus parapijiečius. Tuo metu labai sumažėjo bažnyčios pajamos, todėl kurį laiką čia nebuvo klebono.

1570-1592 m. Krakėse klebonavo vienas iš lietuvių raštijos pradininkų – Mikalojus Daukša. Jis čia įsteigė parapinę mokyklą, minimą 1579 m. Joje mokėsi 12 mokinių.

Krakės buvo žemaičių vyskupo miestelis, todėl kai kurie vyskupai jį labai pamėgo. XVII a. vyskupas J. Tiškevičius čia dažnai lankydavosi, bažnyčiai padovanojo kelis paveikslus ir relikvijas. Be to, prie Krakių koplyčios įkūrė krikščioniškojo mokslo broliją, vieną iš pirmųjų katalikų organizacijų Lietuvoje. 1645 m. jis pakvietė iš Torūnės Šv. Kotrynos ordino vienuoles įsikurti Krakėse bei davė joms 13 margų žemės. 1652 m. karalius Jonas Kazimieras Vaza kotryniečių vienuolynui padovanojo Aleknaičių ir Šukaičių (dabar Zvegių) kaimus. Vyskupas P. Parčevskis 1657 m. vienuolynui paskyrė 2 valakus žemės, o 1668 m. K. Pacas padovanojo malūną, davė medžiagos ir pinigų bažnyčiai statyti. 1692 m. buvo pastatytas vienuolynas ir prie jo – Šv. Kotrynos bažnyčia. Vienuolyne gyveno 12 seserų, kurios buvo įkūrusios mergaičių mokyklėlę. Matyt, vienuolynas sudegė, nes 1722 m. pastatytas naujas. 1768 m. vyskupo J. D. Lopacinskio iniciatyva pastatyta nauja Krakių bažnyčia. Miestelio ūkinį gyvenimą pagyvino 1790 m. karaliaus Stanislovo Augusto suteikta privilegija, leidusi tris metinius prekymečius.

Po 1831m. sukilimo caro valdžia konfiskavo Krakių kotryniečių vienuolyno žemę. 1863 m. miestelyje siautėjo gaisras, sunaikinęs abi bažnyčias ir vienuolyną. Naujasis vienuolyno pastatas pastatytas už miestelio ribos (sudegė 1913 m.), jame įrengta koplyčia.

Per 1863 m. sukilimą Krakių apylinkėse veikė sukilėlių būriai. Krakių sukilėlių būrį sudarė apie 800 vyrų, jam vadovavo T. Kušleika. Čia buvo daug valstiečių, kuriuos subūrė kaimietis A. Bitė.

Už sukilimo rėmimą buvo ištremta kotryniečių vyriausioji ir kapelionas, uždrausta priimti į noviciatą vienuoles.

Šv. Kotrynos vienuolyno vienuolės 1926 m. įkūrė nepilnamečių mergaičių auklėjimo įstaigą, 1927 m. – pradinę mokyklą. 1948 m. Šv. Kotrynos vienuolynas buvo uždarytas.