Prie Vileikių kaimo kapinių apie 1760 m. pastatyta koplyčia. 1780 m. paskirtas kunigas. Jį išlaikė dvaras. Atsirado nauja Kurtuvėnų filija, pavadinta Pakapės vardu. 1824 m. aptvertas šventorius. Pakapės dvaro savininkas Eustachijus Karpis 1860 m. pastatė medinę bažnyčią, skyrė 33 dešimtines žemės, kunigui pažadėjo kasmet mokėti po 230 rb.

1861 m. įsteigta parapija. 1875 m. prašyta leisti remontuoti bažnyčią, perstatyti 3 supuvusias sienas. Valdžia neleido rinkti aukų remontui. Kai klebonas 1878 m. įsipareigojo remontuoti savo lėšomis, leidimą gavo. 1879 m. pastatyta nauja bažnyčia.