Varputėnų bažnyčią apie 1792 m. pastatė Varputėnų dvaro savininkas Motiejus Jelenskis. Ji buvo Kelmės, vėliau Šaukėnų parapijos filija.

Bažnyčia stačiakampio plano, vienabokštė, su šonine zakristija. Įrengti 3 altoriai. Šventoriuje stovi medinė varpinė. Bažnyčia orientuota taip, kad pagrindinis altorius matytųsi per dvaro langą ir kad dvarininkams nereiktų kasdien vykti į bažnyčią, o pasimelsti jie galėtų ir žiūrėdami į už 1450 m esantį altorių