Manoma, kad Panerių dvarą XVIII amžiuje įkūrė karališkojo dvaro tvarkytojas Simonas Liudvikas Gutakovskis (1738-1811). Žlugus unijinei Lenkijos ir Lietuvos valstybei ir Lietuvai patekus carinės Rusijos įtakon (1795 m.), Panerių dvarą nupirko Lenkijos ir Lietuvos karaliaus Stanislovo Augusto Poniatovskio sekretorius S.Puzina. Jo dukrai Aleksandrai ištekėjus už J. Riomerio, šios giminės palikuonys valdė dvarą apie 100 metų.

1922 metais prasidėjus žemės reformai, dvaras buvo išparceliuotas. Centrinės dvaro sodybos su 30 ha žemės savininkas S.Kairiūkštis dvare buvo įsteigęs pensioną, į kurį vasaroti suvažiuodavo apie 100 poilsiautojų iš Laikinosios sostinės – Kauno. Lietuvą okupavus sovietams, Kairiūkščiai buvo išvežti į tremtį, o nacionalizuotas dvaras atiteko Rašytojų sąjungai. Vėliau, čia buvo vaikų namai, o nuo 1968 metų – Vievio sanatorinė-internatinė mokykla.

Iki šių dienų geriausiai išsilaikė vaizdingoje vietoje ant Neries kranto stovintys dviaukščiai dvaro rūmai. Nuo rūmų matosi upės vingis su didele sala, slėnį supa miškingos Neries senslėnio kalvos. Greta dar tebestovi menkaverčių pokarinių pastatų apsupti dvaro ūkiniai pastatai: oficina, tvartai, kumetynas, ledainė. Iš jų vertingiausias yra medinis kumetyno pastatas, nes kituose Lietuvos dvaruose tokios paskirties pastatai dažniausiai jau sunykę.