Tūbinių dvarelio savininkas, bajoras, Telšių apskrities maršalka Ignotas Jacevičius buvęs pamaldus žmogus, daug ir nuoširdžiai melsdavosi ne tik savo, bet ir visų žmonių išganymui. Tam reikalui netoli dabartinės bažnyčios, prie pušyno, pasistatė nedidelį namelį, kuriame laiką leido paskendęs maldose. Taip jam kilo mintis Tūbinėse pastatyti bažnyčią, kad joje galėtų melstis ne tik jis pats, bet ir šio bei aplinkinių kaimų žmonės. Pritariant žmonai Teklei Godliauskaitei, 1820 m. ėmėsi įgyvendinti savo sumanymą – kreipėsi į žemaičių vyskupą Juozapą Giedraitį ir jo koadjutorių oficiolą Gailevičių. Jacevičiai skyrė valako dydžio žemės sklypą suplanuotai bažnyčios statybai, o kunigui paskyrė 80 sidabro rublių algos metams. 1821 m. vyskupas davė sutikimą bajorui funduoti bažnyčios statybą.

1822 m.s vyskupo įgaliotas Šilalės klebonas kun. Tomas Pilsudskis pašventino būsimos šventovės kertinį akmenį, o 1823 m. Dievo namai buvo užbaigti. Kartu su bažnyčios statyba buvo mūrijamos ir dvi koplyčios: viena kapinėse, kita – prie pušynėlio. Kol nebuvo gautas oficialus valdžios leidimas atidaryti bažnyčią, kunigui Gailevičiui leidus, jau anksčiau koplyčioje pradėtos aukoti Šv. Mišios. 1824 m. vyskupo kunigaikščio Juozapo Giedraičio įgaliotas Šilalės klebonas kun. T. Pilsudskis tų pačių metų spalio 17 d., dalyvaujant gausybei žmonių, pašventino naują bažnyčią ir joje įvyko pirmosios pamaldos. Tuo pačiu J. Giedraičio leidimu bažnyčiai priklausančiose valdose sumūrytos Kryžiaus kelio koplytėlės, kuriose buvo patalpinti Kristaus kančią vaizduojantys paveikslai. Tų koplytėlių buvo 12, tačiau laikui bėgant belikusios tik keturios (šventoriuje).

1824–1825 m. Tūbinėse buvo statomos Kalvarijos. Šv. kryžiaus kelias Tūbinių Kalvarijose pirmą kartą iškilmingai apvaikščiotos 1825 m. rugsėjo 4 d. su provincijos tvarkytoju kunigu Ambraziejumi Grauroku. Kryžiaus kelio procesijos buvo rengiamos pavasarį ir rudenį, pažymint titulinę Dievo Apvaizdos ir Šv. Kryžiaus Išaukštinimo šventes (nukeliamas į artimiausią sekmadienį). Ši tradicija tęsėsi daugiau nei pusantro šimto metų ir nutrūko tik sovietmečiu.

Bažnyčia buvo Šilalės parapijos filija. 1937 m. įkurta parapija.

Bažnyčios fundatorių Jacevičių ir jų giminaičių palaikai ilgą laiką ilsėjosi užmūryti šventoriaus Šv. Kryžiaus koplyčios rūsyje. Pasitinkant bažnyčios 190 metų jubiliejų 2014 m., fundatorių palaikai buvo identifikuoti, sutvarkytos palaidojimų kriptos, nudažyta bažnyčia, sutvarkyti aplinka bei vidus. Taip pat išleistas iliustruotas lankstinukas su istorine medžiaga, šventoriuje pastatytas informacinis stendas, kuriame atsispindi visa Tūbinių parapijos istorija. 2015 m. šalia bažnyčios atstatytas Paminklas Vytautui Didžiajam.