Raudonoji Joniškio sinagoga statyta 1865 m. Ji vientiso tūrio, vieno ir dviejų aukštų, dengta dvišlaičiu stogu. Planas stačiakampis su nedidele iškyša rytų pusėje. Pastato vakarinėje dalyje buvo prieangis su laiptais į antrojo aukšto moterų galeriją, o rytų pusėje – vyrų maldų salė. Pastatas su neogotikos architektūros elementais. Jo fasadų kompozicija būdinga žydų maldos namams: vakarų fasadas dviaukštis, rytų – vienaukštis, o šoniniai (pietų ir šiaurės) fasadai – vieno ir dviejų aukštų. Pastato kampus ir šoninius fasadus skaido mentės, viršų juosia dantytas karnizas. Vienaukštės dalies langai aukšti, smailėjančių arkų, apjuosti iškiliais apvadais su raktais. Šoninių fasadų dviaukštės dalies antrojo aukšto langai taip pat smailėjančių arkų, o pirmojo aukšto – užbaigti segmentine sąrama ir apjuosti panašiais apvadais su raktais.