Raudonoji Joniškio sinagoga statyta 1865 m. Ji vientiso tūrio, vieno ir dviejų aukštų, dengta dvišlaičiu stogu. Planas stačiakampis su nedidele iškyša rytų pusėje. Pastato vakarinėje dalyje buvo prieangis su laiptais į antrojo aukšto moterų galeriją, o rytų pusėje – vyrų maldų salė. Pastatas su neogotikos architektūros elementais. Jo fasadų kompozicija būdinga žydų maldos namams: vakarų fasadas dviaukštis, rytų – vienaukštis, o šoniniai (pietų ir šiaurės) fasadai – vieno ir dviejų aukštų. Pastato kampus ir šoninius fasadus skaido mentės, viršų juosia dantytas karnizas. Vienaukštės dalies langai aukšti, smailėjančių arkų, apjuosti iškiliais apvadais su raktais. Šoninių fasadų dviaukštės dalies antrojo aukšto langai taip pat smailėjančių arkų, o pirmojo aukšto – užbaigti segmentine sąrama ir apjuosti panašiais apvadais su raktais.
Baltoji – vasarinė sinagoga statyta 1823 m. (manoma, kad ant sudegusių parduotuvių pamatų), vėlyvuoju klasicizmo stiliaus periodu. Ją vadino “šule”. Pasakojama, kad sinagoga buvo skirta iškilmingoms progoms. Į ją atvykdavo kantoriai, chazanai. Po Antrojo pasaulinio karo pastate įrengtas sandėlis, vėliau – sporto salė. 1964 m. pastatytas priestatas. Pastato rytų pusėje buvo erdvi vyrų maldų salė, o vakarų pusėje – prieangis su laiptais į antrojo aukšto moterų galeriją. Sinagogos išorės formose persipynė vėlyvojo klasicizmo ir romantizmo stilių bruožai. Pastato tūris vientisas ir monumentalus, dengtas dvišlaičiu stogu. Planas stačiakampis su vidiniais laiptais šiaurvakarių kampe. Šiuo metu pastato suplanavimas pakeistas, interjeras sunaikintas. Vidaus erdvę dengia medinis cilindrinis skliautas.